Ήταν κάτοχος θεολογικής γνώσης, με πλούσιο συγγραφικό έργο, μέσα στο οποίο τηρήθηκε αλώβητος ο παραδοσιακός γλωσσικός πλούτος και η θεολογική παιδαγωγική διδασκαλία που την αξιοποίησε, ώστε να βοηθήσει το υπόδουλο γένος στην πνευματική του αφύπνιση.
Ο Αγιος, κατά κόσμο Νικόλαος, γεννήθηκε στη Νάξο, όπου είδε το φως, στη μητρόπολη της Χώρας, το 1749, ένα χρόνο μετά τον Αδαμάντιο Κοραή. Οι ενάρετοι γονείς του ήταν ο Αντώνιος Καλιβούρζης και η Αναστασία, η οποία αργότερα έγινε μοναχή στη Μονή του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου στη Νάξο, με το όνομα Αγαθή.
Ο Νικόλαος από την παιδική ηλικία ήταν εφοδιασμένος με τα πνευματικά χαρίσματα της οξύνοιας, της φιλομάθειας και μνήμης. Η λέξη «παιδαριογέρων», με την οποία τον χαρακτήριζαν, σημαίνει την ωριμότητα του γέροντος στη σκέψη και τη συμπεριφορά ενός παιδιού, γνωρίσματα που είχαν αρχίσει να φαίνονται καθαρά στον μικρό Νικόλαο. Ο ιερέας της ενορίας αντιλαμβάνεται την ασυνήθιστη οξυδέρκεια του παιδιού και του μαθαίνει τα πρώτα γράμματα. Το παιδί βοηθάει τον ιερέα και στις ιεροπραξίες της θείας λειτουργίας.
Την εποχή του Αγίου επικρατούσαν «σκοτεινά» χρόνια στην Ελλάδα, αφού όλο το Γένος ήταν υπόδουλο στους Τούρκους. Η Εκκλησία είχε πληγεί κυρίως από τις επιδράσεις της Δύσης. Επιτακτική ήταν η ανάγκη της πνευματικής καθοδήγησης, για την ανόρθωση ηθικού και θρησκευτικού φωτισμού στους υπόδουλους.
Στη μονή του Αγίου Γεωργίου Γρώττας, με διευθυντή τον αδελφό του ιερομάρτυρος Κοσμά, αρχιμανδρίτη Χρύσανθο τον Αιτωλό, λαμβάνει την πρώτη του μόρφωση για τέσσερα χρόνια, από το 1761 έως το 1765. Εκεί πήρε τις βάσεις σε όλα τα εγκύκλια μαθήματα και ιδιαίτερα στα ελληνικά, την ιστορία, τα θρησκευτικά, τα μαθηματικά, τη γεωγραφία, την ανθρωπολογία. Κατόπιν σπούδασε στην Ευαγγελική Σχολή της Σμύρνης, με διευθυντή τον Ιερόθεο Βουλισμά. Από τη Σχολή αποφοιτά με άριστα, το 1769.
Τότε ξέσπασαν τα «Ορλωφικά» (1769 – 1770), τα αιματηρά γεγονότα στο Αιγαίο, με τις επιδρομές του ρωσικού στόλου. Αυτός ο μέγας Αγιος Νικόδημος, αναγκάζεται να εγκαταλείψει τη Σμύρνη και να επιστρέψει στη Νάξο, το 1770. Ο Αγιος προσπαθεί να διαφυλάξει παρθενική ψυχή και να αποκτήσει διάκριση μεταξύ καλού και κακού, ώστε να μην προσβάλλεται από τις μεθοδείες του πονηρού. Ο βίος του οδεύει πάντα κάτω από το φως των θείων εντολών. Ο Νικόλαος γίνεται μικρόσχημος μοναχός στη μονή Διονυσίου παίρνοντας το όνομα Νικόδημος. Διέπρεψε ως μοναχός και λαμβάνει τον βαθμό του αναγνώστου στις ακολουθίες.
Τα Ορλωφικά 1769- 1770 ήταν αιματηρά γεγονότα στο Αιγαίο, με τις επιδρομές του ρωσικού στόλου εναντίον της τουρκικής αρμάδας, τοπικές εξεγέρσεις, φοβερές αντεκδικήσεις των Τούρκων, σφαγές, ναυμαχίες. Για το σκλαβωμένο Γένος, η Μ. Αικατερίνη δεν τήρησε τις υποσχέσεις της και η βοήθεια της Ρωσίας δεν ήταν αρκετή, γι’ αυτό και όλη εκείνη η απελευθερωτική προσπάθεια κατέληξε σε αποτυχία, με αποτέλεσμα οι Τούρκοι να ξεσπάσουν εναντίον των ραγιάδων με φονικές διαθέσεις. Καίνε και λεηλατούν όλη τη χώρα. Ιδιαίτερα αιματηρός ήταν ο διωγμός της Σμύρνης και η σφαγή στον μητροπολιτικό ναό της Αγίας Φωτεινής, όπου οι Γραικοί κατέφυγαν για να γλυτώσουν.
Ο Αγιος, αφιερώθηκε με όλη του τη ψυχή στην ησυχαστική ζωή και λαμβάνει χάρισμα αγιότητας και σοφίας. Είναι ο σοφότερος και ο πολυγραφότερος διδάσκαλος της Εκκλησίας και του Γένους κατά τους νεότερους χρόνους.
Στον μοναχό Νικόδημο μπορούμε να διακρίνουμε τη συνεχή άσκηση, την αδιάλειπτη προσευχή, την ακτημοσύνη, την κατάνυξη και τη μελέτη. Ο βιογράφος του, μοναχός Ονούφριος Ιβηρίτης, γράφει τα εξής για τον Άγιο: «Ήν δε τον τρόπον απλούς και ανεξίκακος, το ήθος γλυκύς και χαρίεις, ακτήμων και λίαν απερίσπαστος. Εις τοσούτον δε ήλασε μνήμης, ώστε και όλα κεφάλαια απεστόμιζε της Γραφής, ρητών εδάφια τε και σελίδας και πλείστας μαρτυρίας τε και γνώμας Πατέρων, ων και τους τόπους των λόγων και τόμων ανεπισφαλώς εκ μνήμης εγίνωσκεν».
Ο Αγιος, ζώντας μέσα στο Περιβόλι της Παναγίας συγγράφει ύμνους και εγκωμιαστικά κείμενα. Σ’ αυτόν, ανήκουν ασματικοί κανόνες στην Υπεραγία Θεοτόκο, οι οποίοι σύμφωνα με τον μοναχό Θεόκλητο ανέρχονται στους δεκατέσσερις. Μεγάλο έργο του είναι επίσης η ερμηνεία των ασματικών κανόνων των Δεσποτικών και Θεομητορικών εορτών . Η Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία τον κατέταξε στο χορό των Αγίων το 1955.
Ο όσιος ανήκει στη χορεία των «Κολλυβάδων» φιλοκαλικών πατέρων, οι οποίοι υπήρξαν αναμορφωτές της εκκλησιαστικής ζωή. Το κίνημα αυτό, αποτελούνταν από φωτισμένους άνδρες, που αγωνίσθηκαν να βγάλουν το Γένος από το «πνευματικό σκοτάδι», κληρικούς, μοναχούς και λαϊκούς, οι οποίοι στα χρόνια της δουλείας εξέδωσαν σημαντικά βιβλία.