Παράλληλα το υπουργείο Οικονομικών ανακοίνωσε ότι προχωρεί σε τέσσερις μεγάλες αλλαγές στη διαδικασία εκδίκασης των φορολογικών υποθέσεων με στόχο την ταχύτερη εκδίκαση τους ενώ προανήγγειλε ότι θα προχωρήσει σύντομα στην αναδιοργάνωση των υπηρεσιών του όπως και στην διεύρυνση και αυστηροποίηση των ποινών για φοροδιαφυγή. Οι αλλαγές στη διαδικασία εκδίκασης των φορολογικών και τελωνειακών διαφορών από τα Διοικητικά Δικαστήρια που θα ενταχθούν στο σχέδιο νόμου του Υπουργείου Δικαιοσύνης είναι οι ακόλουθες:
1. Η προσωρινή διαταγή που χορηγείται από το δικαστή στις φορολογικές και τελωνειακές δίκες οριοθετείται χρονικά. Αν ο δικαστής χορηγήσει προσωρινή διαταγή, αυτή θα έχει ισχύ για τριάντα (30) ημέρες. Μέσα σε αυτό το διάστημα θα πρέπει να συζητηθεί η αίτηση αναστολής διαφορετικά η προσωρινή διαταγή παύει να ισχύει. Αν συζητηθεί μέσα στις 30 ημέρες η αίτηση αναστολής, η απόφαση του δικαστηρίου πρέπει να εκδοθεί επίσης μέσα σε τριάντα (30) ημέρες.
2. Οριοθέτηση του βάρους απόδειξης και της εξουσίας του δικαστηρίου όταν δικάζει αναστολή με αντικείμενο φορολογική υπόθεση. Παύει η γενική και αόριστη αναστολή εκτέλεσης ολόκληρης της πράξης της φορολογικής αρχής, με την οποία αδρανοποιούνται με δικαστική απόφαση οι εισπρακτικοί μηχανισμοί, εφ' όλης της περιουσίας του φορολογούμενου. Οι εισπρακτικοί μηχανισμοί, δεν θα έχουν πια δικαιολογία επανάπαυσης και θα επιβάλλεται να δραστηριοποιηθούν προκειμένου να εισπράξουν την οφειλή, επιβάλλοντας αναγκαστικά μέτρα στα υπόλοιπα περιουσιακά στοιχεία (με εξαίρεση εκείνο ή εκείνα για τα οποία το δικαστήριο έκρινε ότι θα συνιστούσε ανεπανόρθωτη βλάβη κάτι τέτοιο).
3. Μία δίκη ουσίας στις φορολογικές και τελωνειακές διαφορές. Διαφορές έως 150.000 ευρώ θα δικάζονται από το Τριμελές Διοικητικό Πρωτοδικείο. Θα επιτρέπεται μόνον αναίρεση. Διαφορές από 150.000 ευρώ και άνω θα δικάζονται σε πρώτο και τελευταίο βαθμό από το Διοικητικό Εφετείο. Αναίρεση επιτρέπεται. Με τις ρυθμίσεις αυτές θα συντμηθεί ο απαράδεκτος σήμερα χρόνος εκκρεμοδικίας (8 έως 12 χρόνια) μέχρι την έκδοση τελεσίδικης απόφασης, κατά τα 2/3 του. Η τελεσίδικη απόφαση, δηλαδή, θα εκδίδεται το αργότερο μέσα σε 3 χρόνια από την κατάθεση της προσφυγής. Φορολογική αρχή και φορολογούμενος θα τερματίζουν σε ανεκτό χρόνο τη διαφορά τους, γεγονός που θα συμβάλλει και στην αποτελεσματική είσπραξη των δημοσίων εσόδων και στην δημιουργία σταθερού φορολογικού περιβάλλοντος για τους φορολογούμενους.
4. Όχι δικαστική ακύρωση των πράξεων των φορολογικών αρχών για τυπικές και ανούσιες πλημμέλειες. Το Δικαστήριο πριν ακυρώσει την πράξη για τυπική πλημμέλεια ή για έλλειψη τύπου της διαδικασίας ή για συγκεκριμένη παράλειψη, θα εξετάζει αν ο φορολογούμενος έπαθε κάποια βλάβη από την παράλειψη, και αν η βλάβη που έπαθε μπορεί να επανορθωθεί, μόνο με την ακύρωσή της και την επανάληψη της έκδοσης της. Αν δεν συντρέχουν αυτές οι προϋποθέσεις η πράξη της φορολογικής αρχής δεν θα ακυρώνεται και το δικαστήριο θα δικάζει στην ουσία της την προσφυγή.