Το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης στεγάζεται στο κτίριο των Παλαιών Φυλακών Λάρισας (παλαιά πυριτιδαποθήκη), που βρίσκεται επί της οδού Ιουστινιανού 42 και συγκεκριμένα στον αύλειο χώρο του σχολικού συγκροτήματος του 5ου Γυμνασίου - Λυκείου. Είναι κτίσμα του 18ου αιώνα και χαρακτηρισμένο ιστορικό - διατηρητέο μνημείο, σύμφωνα με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού.
Στους χώρους του Μουσείου υπάρχει μόνιμη έκθεση του Μουσείου με τίτλο: «1941 - 1944: Η Θεσσαλία αντιστέκεται». Περιέχει υλικό της περιόδου του Ελληνοϊταλικού πολέμου, της Κατοχής και της Εθνικής Αντίστασης (1940 - 1944).