Στον Τύρναβο ο Πέζαρος παραδίδει τα μαθήματά του στα παιδιά με τον καλύτερο δυνατό τρόπο για τα δεδομένα της εποχής, καθώς διακρίνεται για την επιμέλειά του και το διδασκαλικό του ζήλο. Σύμφωνα με το μαθητή του Κωνσταντίνο Κούμα, εκφωνεί «γλυκύτατους λόγους», «βαστάζοντας» χάρη στην πολύ καλή του μνήμη «…όλα τα γραφικά ρητά και όλας τας παλαιάς ιστορίας» - γενικά ως ο «Σωκράτης του Τυρνάβου», του οποίου «η επιμέλεια και η αρετή του, το πενιχρόν της ζωής του ηνωμένον με εσωτερικόν μεγαλείον…εκλέισαν εις όλη την Θεσσαλίαν και εις όλον το Ελληνικόν γένος το όνομά του».
Η φήμη του ως διδασκάλου, με το πέρασμα του χρόνου, γίνεται ολοένα και μεγαλύτερη, με αποτέλεσμα να προσελκύει μεγάλο αριθμό μαθητών. Γι’ αυτό και στα 1789 ο Πέζαρος ιδρύει στον Τύρναβο το δικό του κοινόβιο οικοτροφείο, παρέχοντας στους νέους που επρόκειτο να μαθητεύσουν κοντά του τροφή, στέγη, πλύσιμο των ρούχων τους, όπως επίσης και το προνόμιο να διαβιώνουν και να μελετούν μαζί με τον πνευματικό τους καθοδηγητή.
Σύμφωνα με τον Κωνσταντίνο Κούμα, ο Ιωάννης Πέζαρος, ακολουθώντας πρωτότυπη, σωστά διαρθρωμένη παιδαγωγική μέθοδο διδασκαλίας, χωρίζει τους μαθητές του σε πολλές τάξεις. Στην πρώτη διδάσκει τα παιδιά τα οκτώ μέρη του λόγου, στη δεύτερη τους διδάσκει συντακτικό, στην τρίτη τούς δείχνει τον τρόπο με τον οποίο μπορούν να συντάσσουν διάφορα θέματα με τα οποία πρόκειται ν’ ασχοληθούν, στην τέταρτη τους επιστολικούς χαρακτήρες σύμφωνα με τον Κορυδαλέα, στην πέμπτη διδάσκει τους ποιητές και ιδίως τον Όμηρο, στην έκτη γεωμετρία και φιλοσοφία και, τέλος, στην έβδομη τάξη θεολογία.
Κάθε πρωί ο Ιωάννης πηγαίνει μαζί με τους μαθητές του στην εκκλησία, όπου τελεί καθημερινά τον Όρθρο και τη Θεία Λειτουργία. Στη συνέχεια γυρνάνε όλοι μαζί στο σχολείο και ξεκινάνε τα ημερήσια μαθήματα, τα οποία διαρκούν μέχρι το απόγευμα με μικρό διάλειμμα για το μεσημέρι. Έπειτα πηγαίνουν πάλι στην εκκλησία, όπου ο δάσκαλος και συγχρόνως ιερέας Ιωάννης τελεί τον Εσπερινό, κλείνοντας μ’ αυτόν τον τρόπο τη μέρα των μαθητών του.
Στο σχολείο, ο Ιωάννης βάζει θέματα στους μαθητές του δυο φορές την εβδομάδα. Μέσα από την καθημερινή διδασκαλία του προσπαθεί να τους δώσει να καταλάβουν, με τον καλύτερο δυνατό τρόπο και μέσα από μια προοδευτικότερη οπτική γωνία, τη σημασία των επιτευγμάτων των επιστημών, καθώς και το ότι δεν υπάρχει κανένας ουσιαστικός λόγος να έρχονται σε σύγκρουση οι Φυσικές Επιστήμες με τη Θεολογία. Μάλιστα, όταν κάποια στιγμή πληροφορείται ότι ο σύγχρονός του λόγιος Σέργιος Μακραίος αναίρεσε τη θεωρία του Κοπέρνικου για το ηλιοκεντρικό σύστημα, αναφωνεί γελώντας «Ω ακόμη είμεθα νήπιοι και ψοφοδεείς». Κι αυτό διότι είναι πολύ προοδευτικό πνεύμα και συμφωνεί με τις απόψεις του Κοπέρνικου, παρά τις αντιδράσεις πολλών συντηρητικών Ελλήνων κληρικών της εποχής του.
