Πολλά ερωτήματα δημιουργεί η τροπολογία που κατατέθηκε από το οικονομικό επιτελείο της κυβέρνησης και η οποία παρέχει την δυνατότητα στον γενικό γραμματέα Δημοσίων Εσόδων για διενέργεια ελέγχων με άλλα κριτήρια, τα οποία θα καθορίζονται από τον επικεφαλής της φορολογικής διοίκησης χωρίς να δημοσιοποιούνται. Μέχρι σήμερα, όλοι οι έλεγχοι προκειμένου να υπάρχει διαφάνεια γίνονταν με βάση τα κριτήρια ανάλυσης κινδύνου, χωρίς μάλιστα να εμπλέκεται ως προς την επιλογή των υποθέσεων ο γενικός γραμματέας.
Πλέον, με την τροπολογία που κατέθεσε η κυβέρνηση υπάρχει άμεση εμπλοκή του γ. γραμματέα τόσο για την επιλογή της υπόθεσης όσο και για τα κριτήρια τα οποία θα επιλέγει ο ίδιος προσωπικά. Κύκλοι του υπουργείου Οικονομικών κάνουν λόγο για «περίεργη τροπολογία», υποστηρίζοντας ότι αυτή κατατίθεται τη στιγμή που πρέπει να μεταφερθούν χιλιάδες υποθέσεις του ΣΔΟΕ στη ΓΓΔΕ. Άλλα στελέχη υποστηρίζουν ότι η μη δημοσιοποίηση των κριτηρίων είναι σημαντική, καθώς έχει παρατηρηθεί ότι οι επιχειρήσεις προσαρμόζουν τη φορολογική τους συμπεριφορά για να αποφύγουν τον φορολογικό έλεγχο και τα πρόστιμα.
Συγκεκριμένα, στην τροπολογία του υπουργείου Οικονομικών αναφέρονται τα εξής: «Η επιλογή των υποθέσεων που ελέγχονται κατά προτεραιότητα γίνεται με αποφάσεις του γενικού γραμματέα Δημοσίων Εσόδων με βάση κριτήρια ανάλυσης κινδύνου ή εξαιρετικά με βάση άλλα κριτήρια, τα οποία καθορίζονται από τον γενικό γραμματέα και δεν δημοσιοποιούνται»…
