Οι φορολογούμενοι μπορούν να υποβάλουν διορθωτική φορολογική δήλωση, συνυποβάλλοντας εφόσον υπάρχει υποχρέωση το έντυπο Ε2 ή το έντυπο Ε3 τα οποία συνοδεύουν το έντυπο Ε1. Μόλις οι ενδιαφερόμενοι επιλέξουν την υποβολή τροποποιητικής δήλωσης, τα δεδομένα που έχουν συμπληρωθεί στην αρχική δήλωση (στο έντυπο Ε1) και στα έντυπα (Ε2 και Ε3) μεταφέρονται αυτόματα στη νέα δήλωση που πρόκειται να υποβληθεί. Ουσιαστικά αυτό που πρέπει να κάνουν οι υπόχρεοι είναι να τροποποιήσουν τα σημεία εκείνα που είναι λανθασμένα.
Για παράδειγμα, εάν ξέχασε στην αρχική δήλωση να συμπληρώσει τους κωδικούς 049-050 των ηλεκτρονικών αποδείξεων θα έχει τη δυνατότητα να τους συμπληρώσει στην τροποποιητική δήλωση, αποφεύγοντας με την κίνηση αυτή την πληρωμή έξτρα φόρου. Σε περίπτωση που πρέπει να τροποποιήσει στοιχεία που έχει συμπληρώσει στα έντυπα Ε2 ή και Ε3 θα πρέπει πρώτα να προχωρήσει στις αλλαγές αυτές και μετά να κάνει τις διορθώσεις στο βασικό έντυπο της δήλωσης (στο Ε1).
Η εκκαθάριση που έχει γίνει με τα αρχικά δεδομένα θα ακυρωθεί και θα γίνει νέα. Η νέα δήλωση που θα προκύψει, μετά τις προσθήκες, αφαιρέσεις ή διορθώσεις δεδομένων θα αντικαταστήσει την αρχική δήλωση. Η εκκαθάριση της φορολογικής δήλωσης που έχει γίνει με τα αρχικά δεδομένα, θα ακυρωθεί και θα γίνει νέα εκκαθάριση με τα νέα στοιχεία και ο φόρος θα προσδιοριστεί με βάση τα οριστικά εισοδηματικά ή τεκμαρτά δεδομένα.
Οπως προαναφέρθηκε, εφόσον η τροποποιητική δήλωση υποβληθεί έως την ημερομηνία λήξης της προθεσμίας για την υποβολή των φορολογικών δηλώσεων, δηλαδή μέχρι τις 31 Ιουλίου 2023, τότε ο φορολογούμενος αποφεύγει το πρόστιμο των 100, 250 ή 500 ευρώ. Στην περίπτωση που υποβάλλει εκπρόθεσμα τη φορολογική δήλωση και στη συνέχεια υποβάλλει την τροποποιητική, τότε επιβάλλεται πρόστιμο το οποίο κυμαίνεται από 100 έως 500 ευρώ.
Σημειώνεται ότι δεν επιβάλλονται πρόστιμα σε κάθε περίπτωση υποβολής εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης φορολογίας εισοδήματος φυσικού προσώπου, από την οποία το επιπλέον ποσό φόρου που προκύπτει προς καταβολή σε σχέση με την αρχική δήλωση είναι έως 100 ευρώ.
Παράλληλα, δεν επιβάλλεται πρόστιμο εφόσον με την υποβολή της εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης δεν επέρχεται αλλαγή στο ύψος της φορολογητέας ύλης, π.χ. σε περίπτωση που με την υποβολή της τροποποιητικής δήλωσης διορθώνεται κάποιο λάθος στα στοιχεία ταυτότητας του φορολογουμένου ή στα στοιχεία των προστατευόμενων μελών της οικογένειας του φορολογουμένου που δεν επηρεάζει το ύψος του φόρου.