Όπως προκύπτει από την Κοινή Υπουργική Απόφαση, όλες οι αιτήσεις θα πρέπει να ελεγχθούν έως τις 28 Φεβρουαρίου 2023. Στις περιπτώσεις που διαπιστώνεται ότι έγινε λάθος, θα πιστώνονται στους δικαιούχους τα ποσά που τους αναλογούν, ανάλογα με τον κύκλο της Επιστρεπτέας Προκαταβολής. Σύμφωνα με την απόφαση, η Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών του ΥΠΟΙΚ είναι η αρμόδια για την επανεξέταση, η οποία γίνεται με βάση τα δηλωθέντα στοιχεία από τις επιχειρήσεις, τα στοιχεία που αποστέλλει εγγράφως η ΑΑΔΕ και περιέχονται στις βάσεις δεδομένων της και το αίτημα της επιχείρησης για επανεξέταση. Οι ελεγκτικές αρχές, λαμβάνοντας υπόψη αποκλειστικά τα δηλωθέντα στοιχεία της επιχείρησης στη φορολογική διοίκηση, προχωρούν σε νέο αυτοματοποιημένο έλεγχο. Στην περίπτωση που προκύψει ότι η επιχείρηση δικαιούται τελικώς τη χορήγηση της Επιστρεπτέας, οι αρμόδιες Αρχές θα δημιουργούν νέο φάκελο με τα στοιχεία και την αναλυτική κατάσταση του δικαιούχου και αμέσως μετά θα πιστώνεται η ενίσχυση.
Για την επανεξέταση της αίτησης χορήγησης η ΑΑΔΕ ή η Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών μπορούν να ζητούν από τις επιχειρήσεις την παροχή στοιχείων που δεν συμπληρώθηκαν κατά την υποβολή της αίτησης χορήγησης, λόγω του ότι αυτό δεν ήταν δυνατό ηλεκτρονικά, ή πρόσθετων στοιχείων που απαιτούνται για την αξιολόγηση του αιτήματος επανεξέτασης. Το σύνολο των πρόσθετων στοιχείων πρέπει να φέρει την έγκριση του λογιστή-φοροτεχνικού της επιχείρησης, εφόσον αφορούν οικονομικά δεδομένα για την υποβολή των οποίων στις αρμόδιες υπηρεσίες φέρει σχετική ευθύνη ο λογιστής-φοροτέχνης. Για την τεκμηρίωση της έγκρισης υποβάλλεται, ως αποδεικτικό στοιχείο, σχετική υπεύθυνη δήλωση. Η υποβολή των στοιχείων μπορεί να πραγματοποιείται και μέσω της ηλεκτρονικής πλατφόρμας «myBusinessSupport».