Στην επιστολή της παραίτησής του ο κ. Τσιάλτας εξηγεί τους βασικούς λόγους της απόφασής του, οι οποίοι - όπως αναφέρει - εστιάζονται «στην αδυναμία ή μάλλον στην αδιαφορία του ΥΠΑΑΤ να εξασφαλίσει την λειτουργία του φορέα, καθώς και στην διαφαινόμενη βούληση να παρεκκλίνει ο φορέας από το κύριο έργο του που είναι η ασφάλεια των τροφίμων και η προστασία του καταναλωτή και της δημόσιας υγείας».
Επισημαίνει ακόμη ότι σημαντικό ρόλο στην απόφασή του αυτή έπαιξαν «και οι εξελισσόμενοι σχεδιασμοί άλλων υπουργείων να διασπάσουν τον επίσημο έλεγχο τροφίμων και με τον τρόπο αυτόν να υπονομεύσουν όλο το έργο που έχει επιτευχθεί με την ίδρυση και λειτουργία του ΕΦΕΤ, αλλά και η εμφανής αδιαφορία της νέας πολιτικής ηγεσίας να αντιμετωπίσει το θέμα».
Ο κ. Τσιάλτας κάνει μεταξύ άλλων λόγο για «κραυγαλέα έλλειψη προσωπικού στον ΕΦΕΤ» και ανεπαρκή χρηματοδότηση από το υπουργείο, το οποίο «καλύπτει μόνο τις μισθολογικές ανάγκες του προσωπικού», κάτι που - κατά τον ίδιο - επιβεβαιώνει «την εντύπωση ότι για το ΥΠΑΑΤ ο ΕΦΕΤ είναι τρίτης κατηγορίας οργανισμός».
Υποστηρίζει ακόμη πως παρά τις επανειλημμένες προσπάθειες του ίδιου από το 2013, δεν τοποθετήθηκε Γενικός Διευθυντής και αυτό είχε σαν επακόλουθο την ύπαρξη πολλών προβλημάτων διοικητικού και συντονιστικού χαρακτήρα, αλλά και ότι το νέο οργανόγραμμα του υπουργείου «δημιουργεί νέες επικαλύψεις», γεγονός που «επιτείνει το πνεύμα αντιπαράθεσης και ανορθολογικής οργάνωσης και λειτουργίας του κράτους».
«Παρά τις δεκάδες των ενημερωτικών σημειωμάτων διαχρονικά προς το σύνολο της πολιτικής ηγεσίας, αλλά και τις προφορικές ενημερώσεις, όπου επισημαίνονται με τον πιο γλαφυρό τρόπο τα προβλήματα και προτείνονται λύσεις, αποτέλεσμα μέχρι σήμερα δεν υπήρξε, κάτι που ενίσχυε τις γενικότερες εντυπώσεις περί απαξίας» αναφέρει στην επιστολή του ο κ. Τσιάλτας.