Να σημειώσουμε πως το ετήσιο φορολογικό πιστοποιητικό εκδίδεται σήμερα προαιρετικά για τις ανώνυμες εταιρείες, εταιρείες περιορισμένης ευθύνης και τα υποκαταστήματα αλλοδαπών επιχειρήσεων, χωρίς να προβλέπονται οι σχετικές κυρώσεις που ίσχυαν με προγενέστερες διατάξεις, οπότε ο χαρακτήρας του πιστοποιητικού για τη Φορολογική Αρχή είναι πληροφοριακός και μόνο.
Όπως επισημαίνει στην επιστολή που έστειλε ο πρόεδρος του Συνδέσμου Αχ. Νταβέλης στον Ι. Δραγασάκη και η οποία κοινοποιήθηκε στον υφυπουργό Στ. Πιτσιόρλα, τον περιφερειάρχη Θεσσαλίας Κ. Αγοραστό και στους Θεσσαλούς Βουλευτές, "το ετήσιο φορολογικό πιστοποιητικό εκδίδεται, πλέον προαιρετικά για τις εταιρείες, λαμβάνοντας χαρακτήρα πληροφοριακό, χωρίς να προβλέπονται οι σχετικές κυρώσεις που ίσχυαν με προγενέστερες διατάξεις. Η διαπίστωση στο φορολογικό πιστοποιητικό παραβάσεων της φορολογικής νομοθεσίας δεν λαμβάνεται πλέον υπόψη κατά την επιλογή υποθέσεων προς έλεγχο".
"Μέσω της απαξίωσης του φορολογικού πιστοποιητικού επιχειρείται η συστηματοποίηση των φορολογικών ελέγχων με την εφαρμογή αναλυτικού ελεγκτικού προγράμματος, το συστηματικό έλεγχο της εργασίας των ελεγκτών και την άμεση διεξαγωγή φορολογικού ελέγχου στις ελεγχόμενες εταιρείες, καθώς ο έλεγχος διενεργείται σε κάθε ελεγχόμενη χρήση" τονίζει ο πρόεδρος του ΣΘΕΒ προσθέτοντας πως "η έκδοση του πιστοποιητικού θα πρέπει να πραγματοποιείται κατόπιν της διενέργειας φορολογικού ελέγχου, παράλληλα με τον έλεγχο οικονομικής διαχείρισης, σε όλα τα φορολογικά αντικείμενα. Στο πιστοποιητικό θα πρέπει να περιλαμβάνονται παρατηρήσεις και παραβάσεις της φορολογικής νομοθεσίας, η ανακριβή απόδοση φόρων που διαπιστώνονται από τα τηρούμενα βιβλία και στοιχεία, κατά τη διενέργεια του διαχειριστικού ελέγχου με κοινοποίηση μέσα σε ένα μήνα από την έκδοσή του των σχετικών αναφορών, στη Διεύθυνση Ελέγχου του Υπουργείου Οικονομικών".
Επιπλέον ο κ. Νταβέλης ανέφερε και περιπτώσεις προς τον αρμόδιο Υπουργό όπου οι φορολογικές αρχές προβαίνουν σε ελέγχους κατά παρέκκλιση της νομοθεσίας και αφορούν τις περιπτώσεις εταιρειών που έχουν πάρει «καθαρό» φορολογικό πιστοποιητικό για τις χρήσεις 2011 και 2012 χωρίς να υπάρχουν ενδείξεις ή στοιχεία για συγκεκριμένες παραβάσεις, ειδικά προβλεπόμενες στον νόμο. Εάν δεν συντρέχουν τέτοιες περιπτώσεις, η διενέργεια φορολογικού ελέγχου δεν είναι δυνατή. Η εισαγωγή του θεσμού του φορολογικού πιστοποιητικού στην ελληνική νομοθεσία, που για πρώτη φορά εφαρμόστηκε κατά τη χρήση του 2011, αποτέλεσε μια δοκιμασμένη καλή διοικητική πρακτική καθώς δημιούργησε ένα νέο πλαίσιο εμπιστοσύνης μεταξύ επιχειρήσεων και φορολογικής διοίκησης και συνέβαλε καθοριστικά στη βελτίωση τόσο των φορολογικών εσόδων όσο και του επιχειρηματικού περιβάλλοντος".