Σύμφωνα με την εγκύκλιο της ΑΑΔΕ,η φορολογική αρχή οφείλει να προβεί σε επανέλεγχο της ειδικής δήλωσης ΦΠΑ, που αφορά μεταβίβαση ακινήτου, το οποίο έχει φορολογηθεί ως αποπερατωμένο πριν ακόμη περατωθεί και στη συνέχεια άλλαξαν οι όροι της σύμβασης και παραδόθηκε ημιτελές, εάν και εφόσον δεν ισχύει το τεκμήριο του αποπερατωμένου και να εκδώσει, ύστερα από τη σχετική γνωστοποίηση που προβλέπεται στο άρθρο 36 παρ. 4 περ. α΄, υποπερ. iv του Κώδικα ΦΠΑ, νέα πράξη προσδιορισμού ΦΠΑ λαμβάνοντας υπόψη ως βάση επιβολής του φόρου την πράγματι λαμβανόμενη στη συγκεκριμένη περίπτωση αντιπαροχή (τίμημα), από την οποία μπορεί να προκύπτει και μείωση φορολογητέας ύλης ως και του αντίστοιχου φόρου, υπό την προϋπόθεση ότι στο τροποποιητικό συμβόλαιο δεν θα υφίσταται όρος για μελλοντική αποπεράτωση του μεταβιβαζόμενου ημιτελούς κτίσματος από τον πωλητή-εργολάβο.
Διευκρινίζεται ότι ο επανέλεγχος της ειδικής δήλωσης δεν έχει σχέση με τον επανέλεγχο του άρθρου 34 του ΚΦΔ αλλά πρόκειται για νέο έλεγχο της αρχικής δήλωσης μεταβίβασης ακινήτου, ύστερα από τη σχετική γνωστοποίηση του άρθρου 36 παρ. 4 περ. α΄, υποπερ. iv του Κώδικα ΦΠΑ, η οποία υποβάλλεται ακριβώς γιατί δεν μπορεί να υποβληθεί τροποποιητική δήλωση καθώς η αρχική δήλωση έχει ελεγχθεί. Με βάση τη γνωστοποίηση αυτή, η Φορολογική Διοίκηση επανελέγχει την αρχική δήλωση (ΠΟΛ.1095/2009) και στη συνέχεια συντάσσει έκθεση επανελέγχου της ειδικής δήλωσης και εκδίδει νέα πράξη προσδιορισμού ΦΠΑ είτε προκύπτει ποσό φόρου για καταβολή, είτε δεν προκύπτει ποσό φόρου, είτε (σύμφωνα με τη γνωμοδότηση) προκύπτει μείωση του ήδη προσδιορισθέντος και καταβληθέντος φόρου. Η Απόφαση/πράξη της Φορολογικής Διοίκησης εκδίδεται βάσει των άρθρων 49 παρ. 2 β΄ , 36 παρ. 4 α΄ (iv) και 6 παρ. 1 και παρ. 2 α΄ του Κώδικα ΦΠΑ (Ν. 2859/2000) και το ποσό κατά το οποίο επέρχεται μείωση της φορολογητέας ύλης και του αντίστοιχου φόρου, υπολογίζεται κατά τον παρακάτω τρόπο:
Παράδειγμα: Πωλήθηκε ακίνητο από τα σχέδια από τον Κ (κατασκευαστή) στον Α (αγοραστή) με τίμημα 100.000 €, το οποίο τίμημα είναι μεγαλύτερο της αντικειμενικής και του κόστους και καταβάλλεται ΦΠΑ 24.000 €. Λόγω οικονομικής αδυναμίας ο Κ αδυνατεί να αποπερατώσει το ακίνητο το οποίο έχει φτάσει στο στάδιο των επιχρισμάτων.
Συμφωνούν με τον Α να τροποποιήσουν το συμβόλαιο πώλησης και να συμφωνήσουν ότι το ακίνητο που πουλήθηκε θα παραδοθεί ημιτελές (με την προϋπόθεση ότι δεν συντρέχει περίπτωση εφαρμογής του τεκμηρίου του αποπερατωμένου), στο στάδιο των επιχρισμάτων και το τίμημα που θα οφείλεται θα είναι 60.000 €. Υποβάλλεται σχετική γνωστοποίηση ενόψει της σύνταξης του τροποποιηθέντος συμβολαίου και η Φορολογική αρχή επανελέγχει την αρχική ειδική δήλωση, συντάσσει έκθεση επανελέγχου και εκδίδει πράξη υπολογίζοντας τη μείωση της φορολογητέας ύλης ως εξής:
Αξία ακινήτου αρχικού συμβολαίου: 100.000 ΦΠΑ: 24.000
Αξία ακινήτου τροπ/ντος συμβολαίου: 60.000 ΦΠΑ: 14.400
ΦΠΑ αρχικής δήλωσης: 24.000 – ΦΠΑ κατόπιν επανελέγχου: 14.400 = - 9.600
