Η φυλακή του Γκουαντάναμο ιδρύθηκε το 2002 μέσα στην αμερικανική στρατιωτική βάση στην Κούβα, στο πλαίσιο του «πολέμου κατά της τρομοκρατίας» που είχε κηρύξει ο τότε πρόεδρος των ΗΠΑ Τζορτζ Μπους ο νεότερος μετά τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου 2001.
Κρατήθηκαν εκεί εκατοντάδες άνθρωποι, μεταξύ των οποίων και ορισμένα μέλη της Αλ Κάιντα, ωστόσο οι συνθήκες κράτησης και τα καταγγελλόμενα βασανιστήρια προκάλεσαν έντονη πολιτική αντιπαράθεση. Οι Δημοκρατικοί πρώην πρόεδροι Μπαράκ Ομπάμα και Τζο Μπάιντεν εξέφρασαν την πρόθεση να κλείσουν τη φυλακή του Γκουαντάναμο, αλλά δεν τα κατάφεραν. Τον περασμένο Σεπτέμβριο η εφημερίδα New York Times έφερε στο φως κυβερνητικά έγγραφα που δείχνουν ότι εδώ και δεκαετίες το Γκουαντάναμο χρησιμοποιείται από τις ΗΠΑ για τη φυλάκιση ορισμένων μεταναστών που εντοπίζονται στη θάλασσα. Οι μετανάστες κρατούνται σε διαφορετικό χώρο από εκείνους που έχουν κατηγορηθεί για τρομοκρατία. Αμερικανικά στρατιωτικά αεροσκάφη έχουν κάνει μέχρι στιγμής οκτώ πτήσεις για τη μεταφορά παράτυπων μεταναστών: τέσσερις προς τη Γουατεμάλα, τρεις προς την Ονδούρα και μία με προορισμό το Εκουαδόρ, αλλά αυτή είναι η πρώτη φορά που μετανάστες θα μεταφερθούν στο Γκουαντάναμο, μια επιχείρηση με πολλές προκλήσεις και σε νομικό επίπεδο.
Οι πτήσεις προς το Γκουαντάναμο θα γίνουν λίγες μέρες μετά το εκτελεστικό διάταγμα που υπέγραψε ο Τραμπ δίνοντας οδηγίες στο Πεντάγωνο και το υπουργείο Εσωτερικής Ασφάλειας να χρησιμοποιήσουν τη βάση στην Κούβα για την κράτηση μεταναστών. Αξιωματούχοι του υπουργείου Άμυνας πασχίζουν έκτοτε να βρουν λύσεις για τη στέγαση έως και 30.000 ατόμων, πολύ περισσότερων από τους 780 που κρατούνταν εκεί κατά την κορύφωση του πολέμου κατά της τρομοκρατίας.
Η βάση του Γκουαντάναμο προορίζεται να χρησιμεύσει ως κόμβος διέλευσης για μετανάστες, που θα απελαθούν στις χώρες καταγωγής τους. Προς το παρόν στο Κέντρο Επιχειρήσεων Μεταναστών του Γκουαντάναμο στεγάζεται μια μικρή ομάδα ανθρώπων, κυρίως πρόσφυγες από την Αϊτή και την Κούβα.