Οι 43 νέοι συνελήφθησαν από την αστυνομία και στη συνέχεια εξαφανίστηκαν, με τα ίχνη τους να μην έχουν εντοπιστεί ποτέ. Πρόκειται για μια υπόθεση που έχει συγκλονίσει τη μεξικανική κοινή γνώμη και έχει προκαλέσει σφοδρές επικρίσεις εναντίον της κυβέρνησης του τότε προέδρου Ενρίκε Πένα Νιέτο. Η έρευνα αμαυρώθηκε από πολλές καταγγελίες για ανικανότητα των αρχών, δηλαδή για διαφθορά. Περισσότεροι από 75 άνθρωποι που είχαν συλληφθεί στο πλαίσιο των ερευνών τελικά αφέθηκαν ελεύθεροι έπειτα από λάθη στη διαδικασία που ακολούθησαν οι ερευνητές, κυρίως εξαιτίας της χρήσης βασανιστηρίων προκειμένου να τους αποσπάσουν ομολογίες. Ένας από τους βασικούς υπόπτους, ο Ζιλντάρδο Λόπες Ασουντίγιο, που συνελήφθη το 2015 και πιστεύεται ότι είναι ένας από τους βασικούς υπεύθυνους για την εξαφάνιση και τον φόνο των φοιτητών, αφέθηκε ελεύθερος στις αρχές Σεπτεμβρίου.
Ο νυν πρόεδρος του Μεξικού Άντρες Μανουέλ Λόπες Ομπραδόρ δημιούργησε μια Επιτροπή Αλήθειας και ζήτησε να ξεκινήσει νέα έρευνα για την υπόθεση. Η γενική εισαγγελία, πλέον ανεξάρτητη από την εκτελεστική εξουσία μετά τη μεταρρύθμιση του δικαστικού συστήματος, έχει αναλάβει τις έρευνες που ξεκινούν «πρακτικά από το μηδέν». Για τον Αλεχάντρο Χόουπ, πρώην στέλεχος των υπηρεσιών Πληροφοριών και ειδικό σε θέματα ασφαλείας, αντί να «ξεκινήσει από το μηδέν» η εισαγγελία θα έπρεπε να εξετάσει κυρίως «πτυχές της έρευνας που δεν εξετάστηκαν τότε».
Ο ειδικός εκτιμά εξάλλου ότι «υπάρχουν δύο στοιχεία για τα οποία δεν φαίνεται να υπάρχει αμφιβολία: οι φοιτητές απήχθησαν από τοπικούς αστυνομικούς και παραδόθηκαν στο καρτέλ Guerreros Unidos».
Επί προεδρίας Πένα Νιέτο η γενική εισαγγελία εξαρτιόταν από την εκτελεστική εξουσία. Τότε είχε καταλήξει στο συμπέρασμα ότι οι διακινητές ναρκωτικών, πιστεύοντας ότι οι 43 νέοι ανήκαν σε αντίπαλο καρτέλ, τους σκότωσαν και έκαψαν τα πτώματά τους σε χωματερή, ενώ στη συνέχεια έριξαν τις στάχτες στον ποταμό Σαν Χουάν, κοντά στην Ιγουάλα.