Η υπόθεση αφορά την απόφαση «Παπαβασιλάκης κατά Ελλάδος», που εξέδωσε το Α΄ Τμήμα του στις 15 Σεπτεμβρίου 2016, σύμφωνα με ανακοίνωση της Εθνικής Επιτροπή για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου (ΕΕΔΑ).
Συγκεκριμένα, το ΕΔΔΑ έκρινε ότι η αρμόδια αρχή που εξέτασε την υπόθεση του προσφεύγοντος Λεωνίδα Παπαβασιλάκη, συνεδρίασε με τριμελή σύνθεση, απαρτιζόμενη, κατά πλειοψηφία, από μόνιμους αξιωματικούς του στρατού, αντί της νομοθετικά προβλεπόμενης πενταμελούς (σύνεδρος ή πάρεδρος του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, δυο αξιωματικοί του στρατού και δυο καθηγητές ΑΕΙ φιλοσοφίας, κοινωνικών και πολιτικών επιστημών ή ψυχολογίας) και δεν παρείχε τις απαιτούμενες από την ΕΣΔΑ εγγυήσεις αμερόληπτης και ανεξάρτητης κρίσης.
Μάλιστα, το ΕΔΔΑ παραθέτει απόσπασμα των παρατηρήσεων της ΕΕΔΑ, το οποίο, μεταξύ άλλων αναφέρει πως «η αρμόδια Αρχή που θα αποφασίζει αν ένα άτομο θα πρέπει να εκπληρώσει εναλλακτική υπηρεσία ή όχι, θα πρέπει να είναι ανεξάρτητη και να μην περιλαμβάνει μέλη της στρατιωτικής διοίκησης. [...] Η πρόταση συμβαδίζει με τις πρόσφατες συστάσεις της Επιτροπής Ανθρωπίνων Δικαωμάτων του ΟΗΕ, στις οποίες ουσιαστικά επαναλαμβάνεται η από το 2005 προτροπή της Επιτροπής να τεθεί η εξέταση των αιτήσεων υπό τον πλήρη έλεγχο πολιτικών αρχών». Επιπλέον, επισημαίνεται, πως πρέπει να προστεθούν δυο πολιτικοί εκπρόσωποι: Ένας του υπουργείου Εσωτερικών και ένας του υπουργείου Υγείας.
Η ΕΕΔΑ εκφράζει τη δυσαρέσκειά της για τη μη αποδοχή από την ελληνική πλευρά, των σχετικών με τους αντιρρησίες συνείδησης συστάσεων που έγιναν προς την Ελλάδα, στο πλαίσιο του δευτέρου κύκλου της Οικουμενικής Περιοδικής Αξιολόγησης από το Συμβούλιο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου του ΟΗΕ.