Αναλυτικότερα σε ανακοίνωσή τους αναφέρουν: «Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας και η Πολυτεχνική Σχολή του Π.Θ. έχουν καταθέσει συγκεκριμένες προτάσεις, αλλά και έχουν εκφράσει σοβαρές διαφωνίες για σειρά σημαντικών ρυθμίσεων του νομοσχεδίου, κατά τη φάση της διαβούλευσης του νομοσχεδίου (π.χ. ρυθμίσεις, για τη διάρθρωση της ανώτατης εκπαίδευσης, για την εκλογή μελών διοίκησης των Α.Ε.Ι., για οικονομικά θέματα και θέματα καθημερινής διαχείρισης, για τα μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών). Δυστυχώς, πολλές από τις προτάσεις αυτές δεν ελήφθησαν υπόψη στο κατατεθέν νομοσχέδιο.
Ειδικότερα, για το θέμα της αναγνώρισης των πενταετούς διάρκειας διπλωμάτων ως ενιαίων τίτλων σπουδών μεταπτυχιακού επιπέδου (Integrated Master), το οποίο αποτελεί μακροχρόνια διεκδίκηση των Πολυτεχνικών Σχολών και ενώ υπήρξε διαβεβαίωση για την οριστική λύση του θέματος κατά τη διάρκεια των θεσμικών συναντήσεων του Υπουργού Παιδείας με τους Κοσμήτορες των Α.Ε.Ι., κατά τη φάση της διαβούλευσης, υπήρξε σοβαρή υπαναχώρηση από το αρχικό σχέδιο,
με την προσθήκη ρύθμισης που ουσιαστικά ακυρώνει την αναγνώριση, αφού αφαιρεί από τους διπλωματούχους αυτούς, τα εκ του νόμου προβλεπόμενα, ουσιαστικά δικαιώματα κατόχων μεταπτυχιακού τίτλου. Ο Υπουργός Παιδείας στην τελευταία Σύνοδο Πρυτάνεων (8 Ιουλίου 2017) δεσμεύτηκε ότι θα υπάρξει αλλαγή της προσθήκης αυτής. Δυστυχώς διαπιστώνουμε ότι η δέσμευση αυτή δεν τηρήθηκε δημιουργώντας ζήτημα αξιοπιστίας των όρων με τους οποίους γίνεται ο διάλογος μεταξύ του Υπουργείου Παιδείας και των Πανεπιστημίων. Καλούμε, λοιπόν, τον Υπουργό Παιδείας, έστω και την τελευταία στιγμή, κατά τη συζήτηση του νομοσχεδίου στη Βουλή να σεβαστεί τη δέσμευσή του και να προβεί σε αλλαγή της προσθήκης».