Παρότι γίνεται κατανοητό ότι δεν καταργείται η καθημερινή πρωινή προσευχή των μαθητών πριν την είσοδό τους στις σχολικές τάξεις, το γεγονός τροφοδότησε κλίμα δυσπιστίας που έχει δημιουργηθεί εδώ και καιρό, απέναντι στις προθέσεις του υπουργείου Παιδείας για τη διδασκαλία της ορθόδοξης πίστης στα σχολεία, αφού εκκρεμεί ακόμη και η πρότασή του να αλλάξει το μάθημα των θρησκευτικών σε θρησκειολογία, με αναφορά σε όλες τις θρησκείες.
Έτσι το ότι στην εγκύκλιο αφαιρέθηκαν οι λέξεις «πρωινή προσευχή» των μαθητών στα σχολεία, προκάλεσε υποψίες, με τον πρόεδρο του παραρτήματος ν. Λάρισας της Πανελλήνιας Ενωσης Θεολόγων κ.. Δημ. Οικονόμου να δηλώνει: «Μας βρίσκει αντίθετους το γεγονός της αφαίρεσης των δύο λέξεων στη φετινή εγκύκλιο του υπουργείου Παιδείας. Δημιουργεί υπόνοιες ότι κάτι γίνεται…
Η διδασκαλία της ορθόδοξης χριστιανικής πίστης δέχεται έναν πόλεμο».
Από την άλλη ο διευθυντής της Διεύθυνσης Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης ν. Λάρισας κ. Σωτήρης Βούλγαρης, υποστήριξε ότι δεν τίθεται θέμα κατάργησης της πρωινής προσευχής στα σχολεία και ότι η εγκύκλιος απλά παραπέμπει σε προεδρικό διάταγμα για λόγους συντομίας στη σύνταξή της, υποστηρίζοντας παράλληλα ότι: «Είναι αυτονόητο…».
Βέβαια η Ιερά Σύνοδος έχει εκδώσει ανακοίνωση προς τις Ιερές Μητροπόλεις της χώρας και αναφέρει μεταξύ άλλων ότι: «Η Δ.Ι.Σ. προς ενημέρωση των γονέων και των εκπαιδευτικών επαναλαμβάνει ότι η πρωινή προσευχή ισχύει σύμφωνα με το άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 (ΦΕΚ Α’ 161/1998)».
Επίσης, η Αρχιεπισκοπή Αθηνών με εγκύκλιό της διευκρινίζει σχετικά με την τέλεση της πρωινής προσευχής στα σχολεία: «Η επικοινωνία με τον Θεό έχει σπουδαία αξιακή, παιδαγωγική και ψυχολογική επιρροή στη διαμόρφωση των νέων. Φυσικά, η ανάπτυξη της πνευματικής και παιδαγωγικής άξιας της κοινές προσευχής μέσα στα σχολεία προϋποθέτει εκ μέρους των μαθητών προσήλωση, κοσμιότητα και αίσθημα του ανήκειν σε μία κοινότητα, κατά την πρωινή συγκέντρωση τους πριν την έναρξη των μαθημάτων. Για τον λόγο αυτό, καλό θα είναι ο διευθυντής και οι εκπαιδευτικοί των σχολείων να φροντίζουν για τις συνθήκες, μέσα από τις όποιες ή κοινή προσευχή θα έχει ωφέλιμο αποτέλεσμα στην ψυχική προετοιμασία και ενδυνάμωση των μαθητών.
Η κοινή προσευχή των μαθητών πρέπει να είναι σύντομη και να βασίζεται σε εκκλησιαστικά κείμενα. Η Εκκλησία της 'Ελλάδος καλεί, παρακαλεί και προσεύχεται στον Θεό να ενδυναμώσει όλα τα μέλη της σχολικής κοινότητας (καθηγητές. δασκάλους, μαθητές, διοικητικό προσωπικό, γονείς), ιδιαίτερα δε την ηγεσία τού Υπουργείου Παιδείας, για να συμβάλουν με όλες τις δυνάμεις τους, ώστε το ελληνικό σχολείο να αποτελέσει αντίβαρο ποιοτικής εκπαιδεύσεως, συνολικής μορφώσεως, ενδυναμώσεως και αισιοδοξίας στην πολύπλευρη κρίση που ταλανίζει τον λαό μας. Μέσα στις σχολικές τάξεις προετοιμάζεται ή αυριανή μας πατρίδα, φωτεινότερη, με επίγνωση της ιστορίας και των αξιών της παραδόσεως μας, με ετοιμότητα να διαλεχτεί με τη σύγχρονη πραγματικότητα, χωρίς να χάσει την ταυτότητά της. Για τον λόγο αυτό, καλούμε την ελληνική κοινωνία να στηρίξει με κάθε τρόπο τον Εκπαιδευτικό κάθε βαθμίδας, θεωρώντας το Έργο του εθνική επένδυση μεγίστης σημασίας. Στο έργο αυτό, η Εκκλησία τάσσεται αρωγός, έτοιμη πάντοτε να συμβάλει στην πνευματική καλλιέργεια των μαθητών και στην υποστήριξη των αναγκών τους.
Σχετικά με δημοσιεύματα στα οποία αναφέρεται ότι καταργείται ή προσευχή στα σχολεία, διευκρινίζεται δη ή πρωινή προσευχή προβλέπεται στο άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α' του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 (ΦΕΚ Α' 161/1998), στη διάταξη του όποιου ρητά παραπέμπει ή τελευταία 'Εγκύκλιος του Υπουργείου Παιδείας, "Έρευνας και Θρησκευμάτων, με τη σαφή διατύπωση της σελ, 8 κατά την οποία: «Τέλος εφαρμόζονται οι προβλέψεις τον 77. Α 201/98 (ΦΕΚ 161, τ. ΑΊ. άρθρο !3, παρ. 5, εδάφιο α και β" και παρ. 10, εδάφιο δ'».Ειδικότερα, κατά το όρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α' του Προεδρικοί) Διατάγματος 201/1998 προβλέπεται ότι: «α. Πριν από την έναρξη των μαθημάτων πραγματοποιείται κοινή προσευχή των μαθητών και του διδακτικού προσωπικού στα προαύλιο του σχολίου με ευθύνη των εκπαιδευτικών πού εφημερεύουν...».Εν τέλει, προτρέπονται οι Σεβασμιότατοι Μητροπολίτες να ενεργήσουν κατά την έμφρονα ποιμαντική κρίση τους προς ενημέρωση του κάθε αρμοδίου και κάθε Ενδιαφερομένου περί των ανωτέρω Ισχυουσών διατάξεων του Προεδρικού Διατάγματος 201/98, με το οποίο κατοχυρώνεται νομοθετικά ή πρωινή προσευχή και παρέχονται λεπτομερείς οδηγίες για τη διευκόλυνση της πραγματοποίησης της υποχρεωτικά».
