Ο Γιάννης Κανωτίδης μετά από 3,5 αγωνιστικές περιόδους, 83 εμφανίσεις πρωταθλήματος, μια άνοδο από το πρωτάθλημα της Β` Εθνικής σε αυτό της Σούπερ Λίγκας με τα χρώματα του Πανθρακικού, βρίσκεται σε αναζήτηση νέας επαγγελματικής στέγης. Οι δύο πλευρές έλυσαν κοινή συναινέσει τη συνεργασία τους, με τον Κανωτίδη να δηλώνει στο επίσημο site του θρακικού συγκροτήματος πως «όλα τα ωραία στη ζωή έχουν ένα τέλος. Αλλά έτσι είναι και το ποδόσφαιρο. Κάποια στιγμή έρχεται η στιγμή που καταλαβαίνεις ότι οι δρόμοι πρέπει να χωρίσουν».
Σχετικά με την καλύτερη και τη χειρότερη στιγμή στη συνεργασία του με την ομάδα του Πανθρακικού είπε: «Η καλύτερη στιγμή που έζησα με τη φανέλα του Πανθρακικού προφανώς και είναι η άνοδος της ομάδας από την τότε Β’ Εθνική στη Σούπερ Λίγκα. Δυσάρεστες στιγμές με την ομάδα του Πανθρακικού δεν έχω να θυμάμαι, θέλω να κρατάω μόνο τις όμορφες. Οι φίλαθλοι του Πανθρακικού θα είναι για πάντα στην καρδιά μου. Με στήριξαν σε πολλές στιγμές και τους θεωρώ ως υγιώς σκεπτόμενους φιλάθλους. Την Κομοτηνή τη νιώθω σαν πατρίδα μου. Έχω ζήσει πολλές όμορφες στιγμές εδώ, αγάπησα και αγαπήθηκα από τον κόσμο και σίγουρα αν τα έφερνε η ζωή έτσι, κάποια στιγμή στο μέλλον ίσως επιστρέψω».
Ο Κανωτίδης άρχισε την καριέρα του το 1996 από τον Όλυμπο Ολυμπιάδας όπου έπαιξε για μία σεζόν. Τα επόμενα τρία χρόνια τον βρίσκουν στην ομάδα του Τυρνάβου (σ.σ.την ΑΕΤ), ενώ την περίοδο 2000-2003 αγωνίστηκε με την ομάδα της AEΛ στα πρωταθλήματα της Β’ και Γ’ Εθνικής. Στη Β’ Εθνική συνέχισε να αγωνίζεται και την επόμενη χρονιά με τη φανέλα του Ολυμπιακού Βόλου, ενώ η σεζόν 2004-2005 τον βρίσκει στην Καβάλα. Τα επόμενα δύο χρόνια τον βρίσκουν και πάλι στο πρωτάθλημα της Β’ Εθνικής με την Καστοριά ενώ το πρώτο μισό της σεζόν 2007-2008 παίζει στην ομάδα της Καλαμάτας. Από τον Ιανουάριο του 2008 μέχρι και την τελευταία σεζόν φορούσε τη φανέλα του θρακικού συγκροτήματος.
