Το χτύπημα της μοίρας ήταν βαρύ για τον Γιάννη, αφού νωρίτερα σε νεαρή ηλικία, ο αδελφός του πνίγηκε μαζί με τον παίκτη της ΑΕΛ Ντάους στον Αγιόκαμπο το καλοκαίρι του 1974, ενώ και η αδελφή, έφυγε νωρίς από τη ζωή από καρκίνο.
Η ΠΑΕ ΑΕΛ εξέδωσε την παρακάτω ανακοίνωση: «Τρία αδέλφια, τρεις συγκλονιστικές αποδημίες και το πένθος βαρύ για μία ακόμα φορά στην οικογένεια της ΑΕΛ. Δίνοντας και την τελευταία του ικμάδα στην άνιση μάχη, ο βετεράνος ποδοσφαιριστής της ομάδας μας και εξαίρετος προπονητής, Γιάννης Παπαγιάννης, «φτερούγισε» σήμερα το πρωί για το «βυσσινί» club του Παραδείσου. Μία εβδομάδα πριν κλείσει τα 63 του χρόνια, ο Γιάννης μας αποχαιρέτησε κουβαλώντας μαζί του και το ασήκωτο φορτίο της διπλής τραγικής απώλειας αδελφού και αδελφής σε νεαρή ηλικία. Γιος του Μιλτιάδη Παπαγιάννη, του θρυλικού φροντιστή της ΑΕΛ για πολλές δεκαετίες, ο Γιάννης τίμησε τη φανέλα με το άλογο στο στήθος για δύο αγωνιστικές περιόδους (1976 - 1978) πανηγυρίζοντας τη θριαμβευτική άνοδο στην Α’ Εθνική, για να συνεχίσει την καριέρα του στον Απόλλωνα και σε άλλες λαρισινές ομάδες, πριν τον κερδίσει η προπονητική. Σύσσωμος ο οργανισμός της ΠΑΕ ΑΕΛ συμμετέχει στο βαρύ πένθος για την απώλεια του Γιάννη Παπαγιάννη και μαζί με τα από βάθους καρδιάς συλλυπητήρια, εύχεται να είναι ελαφρύ το χώμα της λαρισινής γης που σε λίγο θα τον σκεπάσει».