Μια ομάδα-καμάρι της Περιφέρειας που προήλθε από τη συγχώνευση Άρη, Ηρακλή, Λαρισαϊκού, Τοξότη, Πανθεσσαλικού, ενώ βοήθησε και η Ανάπλαση Τυρνάβου. Για την ίδρυση έγινε χρήση του καταστατικού του Ηρακλή Λάρισας... Τα πρώτα χρώματα της ομάδας ήταν το άσπρο και το μαύρο, αλλά μετά από νέα συνέλευση αποφασίστηκε το πορφυρό χρώμα (βυσσινί) που χαρακτήριζε τα ρούχα των Βυζαντινών Αυτοκρατόρων και το οποίο ισχύει μέχρι σήμερα. Ως έμβλημα αποφασίστηκε να είναι το άλογο το οποίο είχε βρεθεί απεικονισμένο σε αρχαίο νόμισμα. Ως έδρα ορίστηκε το Στάδιο Αλκαζάρ.
Στις 7 Ιουνίου 1964 έγινε ο πρώτος αγώνας της ΑΕΛ (φιλικός) με αντίπαλο τον Πανιώνιο (2-1), ενώ το πρώτο επίσημο παιχνίδι ήταν με τον Απόλλωνα Λάρισας στις 18 Οκτωβρίου 1964 όπου η ΑΕΛ κέρδισε με 4-0 (από δύο τέρματα ο Παπαδήμας και ο Κάσσας).
Η ΑΕΛ ανέβηκε πρώτη φορά στην Α εθνική την περίοδο 1973-74, ενώ οι επιτυχίες της τη δεκαετία του ‘80 την έκαναν ξεχωριστή… Το 1982 στο Στάδιο Νίκος Γκούμας, η ΑΕΛ συμμετείχε στον πρώτο τελικό κυπέλλου (1981-82) της ιστορίας της με αντίπαλο τον Παναθηναϊκό, όπου ηττήθηκε με 1-0. Την επόμενη χρονιά, με σκόρερ τον Κώστα Μαλουμίδη, η ΑΕΛ νίκησε στο Στάδιο Καραϊσκάκη με 1-0 στο ντέρμπι κορυφής τον Oλυμπιακό, αλλά τελικά τερμάτισε στη δεύτερη θέση του πρωταθλήματος (1982-83).
Η δεύτερη συμμετοχή της ΑΕΛ σε τελικό κυπέλλου (1983-84) πραγματοποιήθηκε με αντίπαλο και πάλι τον Παναθηναϊκό. Στο ΟΑΚΑ η ΑΕΛ, κατώτερη των προσδοκιών, ηττήθηκε με 2-0, αλλά εξασφάλισε την ευρωπαϊκή συμμετοχή της στο κύπελλο Κυπελλούχων της επόμενης περιόδου (1984-85).
Στην τρίτη συμμετοχή της ομάδας σε τελικό κυπέλλου (1984-85), η ΑΕΛ νίκησε στο ΟΑΚΑ, μπροστά σε 15.000 και πλέον φίλους της, τον τότε πρωταθλητή ΠΑΟΚ με 4-1 και κατέκτησε τον πρώτο τίτλο της ιστορίας της.
Η ΑΕΛ κατέκτησε το πρωτάθλημα Α’ Εθνικής τον Μάιο του 1988, κερδίζοντας στο Αλκαζάρ με 1-0 τον Ηρακλή με γκολ του αείμνηστου Γιώργου Μητσιμπόνα στο 88’ του αγώνα. Έγινε έτσι η πρώτη, και μοναδική μέχρι σήμερα, ομάδα από την περιφέρεια (εκτός Αθήνας, Θεσσαλονίκης) η οποία έχει κατακτήσει το Πρωτάθλημα Ελλάδας.
Τη περίοδο 2006-2007 στην τέταρτη συμμετοχή της σε τελικό κυπέλλου, η ΑΕΛ αντιμετώπισε στο Πανθεσσαλικό Στάδιο τον Παναθηναϊκό, κερδίζοντας με 2-1 μπροστά σε 13.000 και πλέον φίλους της και μετά από 22 χρόνια κατέκτησε το τρόπαιο για δεύτερη φορά στην ιστορία της.
Η ΠΑΕ ΑΕΛ για τα σημερινά γενέθλια εξέδωσε την παρακάτω ανακοίνωση όπου μεταξύ άλλων αναφέρει τα εξής: «Ο λευκός καπνός που βγήκε από τη στέγη της αίθουσας του Δημοτικού Ωδείου Λάρισας, έστειλε το χαρμόσυνο μήνυμα της ποδοσφαιρικής ενότητας και της «γέννησης» μιας ομάδας που στον διάβα των χρόνων θα ταυτίζονταν με τους θρύλους. Σήμερα, 57 χρόνια μετά, σε μία κρίσιμη καμπή για την ΑΕΛ της καρδιάς και των ονείρων μας, οι σκέψεις όλων μας γυρίζουν στο «τότε», αναπολούν το «χθες» και υποχρεώνουν πλέον τον καθένα μας να συμμετάσχει ενεργά σ’ έναν αέναο αγώνα για το παρόν και το μέλλον. Είμαστε εδώ, θα παλέψουμε, θα νικήσουμε, θα γυρίσουμε πιο δυνατοί. Το πεπρωμένο της «Βασίλισσας του Κάμπου» οδηγός μας».