Τελικά απεβίωσε σε ηλικία 45 ετών, ωστόσο η τελευταία συνεισφορά του στους «μπλαουγκράνα» ήταν πολύ σημαντική, καθώς κράτησε τον Λιονέλ Μέσι στην ομάδα, πείθοντάς τον να παραμείνει, σε συνάντηση που είχαν, έξι ημέρες πριν από τον θάνατό του. Αυτό τόνισε ο βοηθός του Βιλανόβα στην τεχνική ηγεσία των Καταλανών, Τζόρντι Ρόουρα, με δηλώσεις του στον ραδιοφωνικό σταθμό "Radio Kanal" για τη συμπλήρωση πέντε ετών από τον θάνατό του. «Είναι αλήθεια ότι ο Λέο δεν ήταν σίγουρος αν θα συνεχίσει, άλλαξε γνώμη και αποφάσισε να συνεχίσει» τόνισε χαρακτηριστικά ο Ρόουρα. Ο Ρόουρα επιβεβαίωσε στον ραδιοφωνικό σταθμό ότι ο Βιλανόβα είχε συνάντηση με τον Μέσι και πως στη διάρκειά της έπεισε τον Αργεντινό σούπερ σταρ να παραμείνει στην Μπαρτσελόνα. «Είναι αλήθεια ότι ο Λέο δεν ήταν σίγουρος αν θα συνεχίσει. Είναι αλήθεια ότι αυτή η συνάντηση έλαβε χώρα. Tο σίγουρο είναι ότι ο Μέσι άλλαξε την προσέγγισή του».