Ο Iσπανός έδειξε από την αρχή τις προθέσεις του, περνώντας στην πρώτη θέση αμέσως μετά την εκκίνηση. Ο poleman V. Rossi έπεσε τρίτος, έστω και δύσκολα ωστόσο κατάφερε να ανακτήσει τη δεύτερη θέση αφήνοντας πίσω του τον J. Lorenzo. Η διαφορά του «Γιατρού» από τον M. Marquez ήταν μικρότερη του ενός δευτερολέπτου και όλα έδειχναν ότι θα έχουμε μια μάχη μέχρι το τέλος για τη νίκη. Στον έβδομο γύρο, ωστόσο, ο Ιταλός έχασε τον έλεγχο της μοτοσικλέτας του και μαζί κάθε ελπίδα κατάκτησης του τίτλου.
Σαν να μην έφτανε αυτό, η Yamaha είδε πέντε γύρους πριν το τέλος του αγώνα και τον δεύτερο αναβάτη της να εγκαταλείπει. Η πτώση του J. Lorenzo σήμανε ταυτόχρονα την κατάκτηση του πρωταθλήματος από τον M. Marquez, o οποίος τερμάτισε για πρώτη φορά στην καριέρα του στο MotoGP στην πρώτη θέση του ιαπωνικού Grand Prix.
Mετά την πτώση του J. Lorenzo, το ενδιαφέρον στράφηκε στη μάχη που έδιναν για την τρίτη θέση οι δύο αναβάτες της Suzuki. Νικητής από αυτήν τη μάχη βγήκε ο M. Vinales, με τον A. Espargaro να τερματίζει τέταρτος.
Στο δεύτερο σκαλί του βάθρου ανέβηκε μετά από καιρό ο A. Dovizioso, αξιοποιώντας με τον καλύτερο δυνατό τρόπο τις εγκαταλείψεις των Rossi και Lorenzo.
| POS | RIDER | TEAM | BIKE | GAP |
| 1 | Marc Marquez | Honda | Honda | 42m34.610s |
| 2 | Andrea Dovizioso | Ducati | Ducati | 2.992s |
| 3 | Maverick Vinales | Suzuki | Suzuki | 4.104s |
| 4 | Aleix Espargaro | Suzuki | Suzuki | 4.726s |
| 5 | Cal Crutchlow | LCR Honda | Honda | 15.049s |
| 6 | Pol Espargaro | Tech3 Yamaha | Yamaha | 19.654s |
| 7 | Alvaro Bautista | Aprilia | Aprilia | 23.032s |
| 8 | Danilo Petrucci | Pramac Ducati | Ducati | 28.555s |
| 9 | Scott Redding | Pramac Ducati | Ducati | 28.802s |
| 10 | Stefan Bradl | Aprilia | Aprilia | 32.330s |
| 11 | Katsuyuki Nakasuga | Yamaha | Yamaha | 42.845s |
| 12 | Yonny Hernandez | Aspar Ducati | Ducati | 52.219s |
| 13 | Bradley Smith | Tech3 Yamaha | Yamaha | 53.783s |
| 14 | Tito Rabat | Marc VDS Honda | Honda | 54.760s |
| 15 | Hiroshi Aoyama | Honda | Honda | 1m00.155s |
| 16 | Loris Baz | Avintia Ducati | Ducati | 1m04.440s |
| 17 | Hector Barbera | Ducati | Ducati | 1m42.966s |
| 18 | Mike Jones | Avintia Ducati | Ducati | 1 Lap |
| - | Jorge Lorenzo | Yamaha | Yamaha | Retirement |
| - | Valentino Rossi | Yamaha | Yamaha | Retirement |
| - | Jack Miller | Marc VDS Honda | Honda | Retirement |
| - | Eugene Laverty | Aspar Ducati | Ducati | Retirement |
| - | Dani Pedrosa | Honda | Honda | Withdrawn |
