Η διαδικασία διαρκεί έως τις 15 Δεκεμβρίου για τα αιγοπρόβατα και μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου για τους χοίρους. Όλοι οι κάτοχοι εκμεταλλεύσεων αιγοπροβάτων και χοίρων υποχρεούνται να διενεργούν απογραφή του ζωικού κεφαλαίου στην εκμετάλλευσή τους υποχρεωτικά και με δική τους ευθύνη, τουλάχιστον μία φορά τον χρόνο, ακόμη και στην περίπτωση αυτών που δηλώνουν μηδενικό ζωικό κεφάλαιο.
Επίσης, οι κτηνοτρόφοι πρέπει να προσέρχονται στις αρμόδιες υπηρεσίες, με πλήρως συμπληρωμένο το μητρώο τους, δηλαδή με όλες τις μεταβολές που αυτό συνεπάγεται (γεννήσεις, θανάτους, αγοραπωλησίες), ειδάλλως δε θα γίνεται δεκτό. Ιδιαίτερη προσοχή εφίσταται, διότι δε γίνεται δεκτό κανένα μητρώο παλαιού τύπου, άρα όλα τα ζώα που είναι καταγεγραμμένα σε αυτό θα πρέπει να καταγραφούν στο μέρος Ε’ του νέου μητρώου πριν την προσέλευση του κάθε κτηνοτρόφου στην Υπηρεσία.
Βάσει του Ν. 4830/2021, οι κτηνοτρόφοι υποχρεούνται να δηλώσουν τον αριθμό των ποιμενικών σκύλων που έχουν στην κατοχή τους με την ηλεκτρονική σήμανση αυτών. Η κοινοποίηση της ετήσιας απογραφής γίνεται: 1) Είτε με προσέλευση των κτηνοτρόφων στην Κτηνιατρική Υπηρεσία της κατά τόπους ΔΑΟΚ με το Μητρώο Εκμετάλλευσης Αιγοπροβάτων συμπληρωμένο και πλήρως ενημερωμένο με όλες τις μεταβολές (γεννήσεις, θανάτους, σφαγές). 2) Είτε με τη χρήση της αντίστοιχης ψηφιακής υπηρεσίας του ΥΠΑΑΤ, χωρίς να απαιτείται η παρουσία του κτηνοτρόφου στην υπηρεσία.
Κατά την υποβολή των στοιχείων της απογραφής μέσω της αντίστοιχης ψηφιακής υπηρεσίας εκδίδεται σχετική βεβαίωση, η οποία πρέπει να εκτυπωθεί και να επισυναφτεί στο χειρόγραφο μητρώο της εκμετάλλευσής του. Η απευθείας ηλεκτρονική καταχώρηση της απογραφής δεν απαλλάσσει τον κτηνοτρόφο από την υποχρέωση να ενημερώνει το χειρόγραφο μητρώο που διατηρεί στην εκμετάλλευση.