Η προστασία του υδατικού περιβάλλοντος προϋποθέτει την ορθή εφαρμογή του ευρωπαϊκού και του εθνικού θεσμικού πλαισίου, καθώς και των αρχών της πρόληψης, του ελέγχου στην αιτία της ρύπανσης και της αρχής «Ο ρυπαίνων πληρώνει».
Το ευρωπαϊκό θεσμικό πλαίσιο στον τομέα των υδατικών πόρων επικαιροποιείται και αναθεωρείται συνεχώς, ώστε να προσαρμόζεται στις σύγχρονες συνθήκες του τομέα και τις ανάγκες περιβαλλοντικής προστασίας. Τα σημαντικότερα νομοθετικά κείμενα για το νερό σε ευρωπαϊκό επίπεδο (Οδηγία 60/2000/ΕΕ για τους υδατικούς πόρους και οι θυγατρικές της Οδηγίες, Οδηγία 91/271/ΕΕ για την επεξεργασία των αστικών υγρών αποβλήτων) αξιολογούνται σήμερα, ενώ υπό αναθεώρηση είναι η Οδηγία 98/83/ΕΕ για το πόσιμο νερό. Ακόμα, επίκειται η θέσπιση ευρωπαϊκού νομοθετικού πλαισίου για την επαναχρησιμοποίηση των επεξεργασμένων υγρών αποβλήτων που θα συμβάλει στην αντιμετώπιση των επιπτώσεων της λειψυδρίας και της κλιματικής αλλαγής.
Οι σύγχρονες προκλήσεις σε σχέση με την προστασία του υδατικού περιβάλλοντος είναι: Η προστασία του νερού ως ευαίσθητου πόρου. Η προσέγγιση του “ελέγχου στην αιτία της ρύπανσης” για μικρορρυπαντές. Η εφαρμογή της αρχής «Ο ρυπαίνων πληρώνει». Η αυξανόμενη επίδραση της κλιματικής αλλαγής στο νερό. Η ενημέρωση των πολιτών και των τοπικών κοινωνιών για τους υδατικούς πόρους.
Τέλος, η Ε.Δ.Ε.Υ.Α. επισημαίνει ότι για την προστασία του υδατικού περιβάλλοντος απαιτείται όχι μόνο η ορθή εφαρμογή της ευρωπαϊκής και εθνικής νομοθεσίας, αλλά και η συγκρότηση ορθολογικής πολιτικής διαχείρισης των υδατικών πόρων, ο συντονισμός και η εποικοδομητική συνεργασία μεταξύ των φορέων της υδατικής διακυβέρνησης, η έμφαση στην περιβαλλοντική εκπαίδευση και η ευαισθητοποίηση των τοπικών κοινωνιών».