Ενώ την άνοιξη του 1944 ο πρωθυπουργός της εξόριστης κυβέρνησης Ε. Τσουδερός προσπαθούσε απ΄το Κάιρο με τη βοήθεια των Άγγλων να σχηματισθεί ενιαία κυβέρνηση συνεργασίας από όλες τις πολιτικές δυνάμεις της χώρας, μια σοβαρή κρίση στο στρατό της Μέσης Ανατολής θα κάνει τα πολιτικά πράγματα να λάβουν νέα τροπή.
Η δημιουργία της Πολιτικής Επιτροπής Εθνικής Απελευθέρωσης (ΠΕΕΑ) στην κατοχική Ελλάδα απ΄το ΕΑΜ στις 10 Μαρτίου 1944 προκάλεσε ενθουσιασμό στις αριστερές οργανώσεις του στρατού της Μέσης Ανατολής. Κυκλοφόρησαν προκηρύξεις υπέρ ΠΕΕΑ και στις 31 Μαρτίου αξιωματικοί του Στρατού και της Αεροπορίας επέδωσαν υπόμνημα στον Τσουδερό, το οποίο υποστήριζε το σχηματισμό κυβέρνησης “με βάση” την ΠΕΕΑ.
Ο Τσουδερός υπήρξε στην πρώτη του αντίδραση μετριοπαθής, ενώ ο Σοφοκλής Βενιζέλος, αρχηγός των Φιλελευθέρων, τους απέπεμψε. Την 1 Απριλίου, πάντως, άρχισε η εκδήλωση στάσεων από αριθμό αξιωματικών και στρατιωτών σε μονάδες του Στρατού και του Ναυτικού. Ο Τσουδερός παραιτήθηκε, ο βασιλιάς διόρισε πρωθυπουργό το Σ. Βενιζέλο, ενώ ο Τσώρτσιλ και οι Βρετανοί έθεσαν την 1η Ταξιαρχία και τα ελληνικά πολεμικά σκάφη στην Αλεξάνδρεια υπό ένοπλη επιτήρηση, προειδοποιώντας για καταβύθιση των ελληνικών πλοίων.
Στις 23 Απριλίου η Κυβέρνηση κατάφερε να θέσει υπό τον έλεγχό της το Στόλο και παραδόθηκε η 1η ταξιαρχία περικυκλωμένη απ΄ τους Βρετανούς. Λίγες μέρες αργότερα, στις 26 Απριλίου 1944, ορκίστηκε ως Πρωθυπουργός, χωρίς Υπουργικό Συμβούλιο όμως, ο Γ. Παπανδρέου.
Στις προγραμματικές του δηλώσεις συμπεριέλαβε το σχηματισμό «Κυβέρνησης Εθνικής Ενότητας», με σύνθημα «μία πατρίς, μία κυβέρνηση, ένας Στρατός», την ανασύνταξη και πειθάρχηση του στρατού, την ενοποίηση και πειθάρχηση των αντιστασιακών δυνάμεων, την κατάργηση της τρομοκρατίας στην ελληνική ύπαιθρο, την εξασφάλιση της ελευθερίας του Ελληνικού λαού, τη μέριμνα για την ανοικοδόμηση, την τιμωρία των προδοτών και την ευόδωση των εθνικών διεκδικήσεων.
Η εξέγερση στις ένοπλες δυνάμεις επέφερε σοβαρότατες ανακατατάξεις. Διαλύθηκαν οι δύο Ταξιαρχίες, εγκλείστηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης 9.000 περίπου άνδρες και εκκαθαρίστηκαν οι Ένοπλες Δυνάμεις από τα αριστερά στοιχεία. Αντ΄αυτών δημιουργήθηκε η 3η Ορεινή Ταξιαρχία, που αποτέλεσε τον πυρήνα του μελλοντικού Ελληνικού Στρατού, και διατηρήθηκε ο Ιερός Λόχος, που θα αποκτήσει δύναμη συντάγματος.
Η πιο σημαντική, όμως, επίπτωση του κινήματος του Απριλίου 1944 είχε να κάνει με τη συσπείρωση των αστικών δυνάμεων απέναντι στην πρόκληση, που αισθάνονταν ότι αντιμετώπιζαν από το ΕΑΜ, ειδικά μετά την επίθεση του ΕΛΑΣ κατά του 5/42 Συντάγματος της ΕΚΚΑ και το θάνατο του αρχηγού της, συνταγματάρχη Ψαρρού, τον Απρίλη του 1944.
Κάτω απ΄αυτές τις συνθήκες ορίστηκε η πανεθνική διάσκεψη με στόχο το σχηματισμό ενιαίας Κυβέρνησης να γίνει το Μάιο στο Λίβανο, μακριά από το διοικητικό κέντρο του Καΐρου και χωρίς να δοθεί πρόσβαση στον τύπο. Στις εργασίες της αντιπροσωπεύτηκαν η εξόριστη κυβέρνηση, τα αστικά πολιτικά κόμματα, ο ΕΔΕΣ, η ΕΚΚΑ, το ΚΚΕ, το ΕΑΜ και η ΠΕΕΑ.
Κατά τις προκαταρκτικές συνεννοήσεις, πριν την έναρξη των εργασιών του Συνεδρίου, διαφάνηκε η αντίθεση μεταξύ του ΕΑΜ και των υπολοίπων δυνάμεων: ΕΑΜ, ΠΕΕΑ και ΚΚΕ επιδίωκαν την αποκήρυξη των ταγμάτων ασφαλείας, τον σχηματισμό ενιαίας κυβέρνησης, στην οποία το ΕΑΜ θα ήλεγχε τα μισά Υπουργεία – και ειδικά το Εσωτερικών και το Υφυπουργείο Στρατιωτικών, - μεταφορά τμήματος της κυβέρνησης στο Βουνό, δημιουργία ενιαίου στρατού μεταπολεμικά, το διορισμό αντιβασιλιά και δήλωση ότι ο Βασιλιάς δεν θα επέστρεφε πριν από τη διενέργεια δημοψηφίσματος.
Στις αξιώσεις αυτές αντιτάχθηκαν όλες οι υπόλοιπες πολιτικές δυνάμεις, φοβούμενες ότι έτσι θα περιέρχονταν η κυβέρνηση στον ουσιαστικό έλεγχο του ΕΑΜ. Από μέρους των αστικών κομμάτων επιδιωκόταν η δημιουργία ενιαίου στρατού, ο οποίος δεν θα είχε ως βάση του τον ΕΛΑΣ, η καταγγελία του κινήματος στο στρατό της Μέσης Ανατολής, καθώς και του ΕΛΑΣ για τρομοκράτηση της υπαίθρου. Ο Γ. Παπανδρέου, μάλιστα, προσπάθησε να επιτύχει, αλλά χωρίς αποτέλεσμα, τη διάλυση του ΕΛΑΣ και τη σύσταση ένοπλης δύναμης με βάση την καθολική στρατολογία, γεγονός που έκανε το ΚΚΕ να εξετάσει ακόμα και το ενδεχόμενο αποχώρησης από το συνέδριο.
Οι εργασίες, τελικά, του Συνεδρίου άρχισαν στις 17 Μαΐου. Ο Παπανδρέου μετά τις προγραμματικές του δηλώσεις εξαπέλυσε έντονη επίθεση κατά του ΕΑΜ, το οποίο κατηγόρησε ότι απέβλεπε σε πραξικοπηματική κατάληψη της εξουσίας μετά τον πόλεμο.
Ανάλογες ήταν οι τοποθετήσεις και των άλλων αστών πολιτικών καθώς και του Γ. Καρτάλη, εκπροσώπου της ΕΚΚΑ, του οποίου η τοποθέτηση ήταν, τη στιγμή εκείνη και μάλιστα λίγες μέρες μετά τη δολοφονία Ψαρρού, ιδιαίτερα βαρύνουσα.
Οι εκπρόσωποι του ΕΑΜ φοβούμενοι μη χρεωθούν αυτοί το ναυάγιο του συνεδρίου, κυριολεκτικά παγιδευμένοι και χωρίς δυνατότητα επικοινωνίας με το Βουνό δεν είχαν πολλά περιθώρια αντίδρασης. Έτσι, στις 20 Μαΐου προέκυψε κείμενο «Εθνικόν Συμβόλαιον», που βασιζόταν στις προγραμματικές δηλώσεις Παπανδρέου. Ανάμεσα στα άλλα προέβλεπε σχηματισμό ενιαίας κυβέρνησης, χωρίς όμως να καθοριστεί ο αριθμός και τα συγκεκριμένα Υπουργεία, που θα έπαιρνε το ΕΑΜ` χαρακτήριζε «έγκλημα εναντίον της πατρίδος» τη στάση στο Στρατό Μέσης Ανατολής μεριμνούσε για δημιουργία ενιαίου Στρατού, καθώς και για μελλοντική υπαγωγή των ανταρτικών μονάδων σε ενιαία διοίκηση.
Στο μεταξύ, το ΕΑΜ είχε πληροφορηθεί και απορρίψει τις εξελίξεις στο συνέδριο του Λιβάνου, επισημαίνοντας πως οι αντιπροσωπείες του είχαν υπερβεί το πλαίσιο οδηγιών τους και εκδηλώνοντας έντονη αντίθεση στις αναφορές Παπανδρέου για τρομοκράτηση της υπαίθρου, καθώς και στην παραμονή του στην πρωθυπουργία. Παρόλα αυτά έκανε πίσω, για να μη χρεωθεί πιθανό ναυάγιο του συνεδρίου, και έδωσε οδηγίες στις αντιπροσωπείες του να επιμείνουν στις θέσεις τους, χωρίς επιτυχία ωστόσο.
Στις αρχές Αυγούστου το ΕΑΜ διαμήνυσε την πρόθεσή του να μετάσχει στην Κυβέρνηση με μοναδικό όρο την παραίτηση του Παπανδρέου, που φάνηκε πρόθυμος να αποχωρήσει χάριν του σχηματισμού ενιαίας Κυβέρνησης. Το Υπουργικό συμβούλιο, όμως, αλλά και οι Βρετανοί δεν δέχθηκαν τον όρο και στήριξαν τον Παπανδρέου.
Ακολούθησε συνάντηση του Παπανδρέου με τον ίδιο τον Τσώρτσιλ στη Ρώμη, στις 21 Αυγούστου, κατά την οποία συμφωνήθηκε, εκτός των άλλων, η μεταφορά της Κυβέρνησης στην Ιταλία, το θέμα της αποστολής βρετανικών στρατευμάτων στην Ελλάδα, καθώς και η βοήθεια με σκοπό την ανοικοδόμηση της χώρας. Η συνάντηση, όμως, αυτή κρατήθηκε μυστική απ΄το Υπουργικό Συμβούλιο, γεγονός που οδήγησε σε παραιτήσεις 3 Υπουργών, στελεχών του κόμματος των Φιλελευθέρων, μεταξύ των οποίων και του Σοφοκλή Βενιζέλου, ενώ την ίδια εποχή το ΕΑΜ εισερχόταν με 6 Υπουργούς του στην Κυβέρνηση (Οικονομικών, Εθνικής Οικονομίας, Συγκοινωνιών, Εργασίας, Γεωργίας, Υφυπουργείο Οικονομικών).
Η ενιαία, πλέον, κυβέρνηση επιβεβαίωσε το εθνικό συμβόλαιο του Λιβάνου και έθεσε δύο κυρίως στόχους: την εθνική απελευθέρωση και αποκατάσταση, καθώς και τη λαϊκή κυριαρχία. Κατήγγειλε, επίσης, τα τάγματα ασφαλείας, ενώ η Κυβέρνηση μεταφέρθηκε στην Ιταλία στις 7 Σεπτεμβρίου.
Εν τω μεταξύ οι γερμανικές δυνάμεις, που αποχωρούσαν, αντικαθιστούνταν από αντίστοιχες του ΕΛΑΣ, ενώ οι Βούλγαροι, σύμμαχοι τώρα των Σοβιετικών, δεν ήταν πρόθυμοι να αποχωρήσουν από τα Ελληνικά εδάφη. Το γεγονός αυτό προκαλούσε ανησυχία στην Ελληνική Κυβέρνηση.
Γι΄αυτό στις 24-26 Σεπτεμβρίου πραγματοποιήθηκε διάσκεψη στην Καζέρτα της Ιταλίας, Βρετανών και Ελλήνων εκπροσώπων, όπου υπογράφηκε σύμφωνο, που προέβλεπε ότι οι αντάρτικες δυνάμεις μαζί με το στρατό της Μέσης Ανατολής έμπαιναν κάτω από τις διαταγές της ελληνικής Κυβέρνησης, η οποία με τη σειρά της τις έβαζε κάτω από τις διαταγές του Βρετανού διοικητή του εκστρατευτικού σώματος, στρατηγού Ρόναλντ Σκόμπι.
Η Κυβέρνηση αυτή περιλάμβανε, βέβαια, και εκπροσώπους του ΕΑΜ ωστόσο, διάχυτοι ήταν οι φόβοι για τις προθέσεις τους. Επιφυλάσσονταν, γι΄αυτό, δυσάρεστες εκπλήξεις, που έμελλαν να οδηγήσουν στον εμφύλιο πόλεμο.