Το πρόγραμμα στοχεύει να εξειδικεύσει στελέχη της εκπαίδευσης στο γνωστικό αντικείμενο της Διοίκησης των Εκπαιδευτικών Μονάδων, προκειμένου να αποκτήσουν ικανότητες και δεξιότητες αποτελεσματικής ηγεσίας και διοίκησης και να εστιάσει στη συστηματική εφαρμογή του αντικειμένου της Διοίκησης Επιχειρήσεων στο πεδίο της διοίκησης εκπαιδευτικών μονάδων. Επίσης, να καλλιεργήσει στους φοιτητές του τη γνώση και τη διάθεση, ώστε να μετατρέπουν μια εκπαιδευτική μονάδα σε ένα οργανισμό που εξελίσσεται και βελτιώνεται λειτουργώντας αποτελεσματικά και αποδοτικά και τέλος να αναπτύξει τις δεξιότητες των φοιτητών του ΠΜΣ ώστε να ασκούν αποτελεσματικά το έργο της διοίκησης εκπαιδευτικών μονάδων και οργανισμών.