Την παράταση και τη διαδικασία των πέναλτι χρειάστηκαν Πανσερραϊκός και Απόλλων, προκειμένου να προκριθούν στην επόμενη φάση του Κυπέλλου εις βάρος των Γλυφάδας και Κορίνθου αντίστοιχα. Στον έξτρα χρόνο κρίθηκε και η τελευταία χρονικά αναμέτρηση της Α΄ φάσης. Με γκολ του Ντακόλ στο 118΄ η Καλλιθέα πήρε το εισιτήριο για τη συνέχεια της διοργάνωσης.
Στις αναμετρήσεις για την Α΄ φάση του Κυπέλλου Ελλάδας σημειώθηκαν τα εξής αποτελέσματα:
3. Οδυσσέας Κορδελιού-Δόξα Δράμας 1-0
4. Κασσιόπη-Αναγέννηση Γιαννιτσών 2-2 (1-3 στα πέναλτι)
7. Αναγέννηση Καρδίτσας-Ηρακλής Ψαχνών 4-1
8. Χανιά-Φωκικός 2-1
9. Καλαμάτα-Θρασύβουλος 1-1 (3-4 στα πέναλτι)
10. Επισκοπή-Βύζας Μεγάρων 0-1
13. Τηλυκράτης Λευκάδας-Καβάλα 0-0 (3-5 στα πέναλτι)
15. Βατανιακός-Νίκη Βόλου 0-0 (1-4 στα πέναλτι)
16. Αιγινιακός-Εργοτέλης 1-1 (6-5 στα πέναλτι)
17. Εθνικός Σιδηροκάστρου-Αναγέννηση Επανομής 2-1
19. Δόξα Κρανούλας-Πιερικός 0-0 (1-3 στα πέναλτι)
20. Αστέρας Μαγούλας-Ολυμπιακός Βόλου 1-2
22. Φωστήρας-Ζάκυνθος 4-0
12. Εθνικός Αστέρας-ΑΕΛ Καλλονής 1-1 (1-4 στα πέναλτι)
5. Προοδευτική-Ηρακλής 1-0
11. Παναιγιάλειος-Παναιτωλικός 3-1
14. Πανηλειακός-Παναχαϊκή 0-0 (3-4 στα πέναλτι)
Πέμπτη (25/10)
1. Ρούβας-Εθνικός Γαζώρου 1-3
2. Αχαρναϊκός-ΑΕΛ 0-1
23. Τύρναβος-Οικονόμος Τσαριτσάνης 2-0
18. ΑΟ Γλυφάδας-Πανσερραϊκός 1-2 παρ. (1-1 κανονικός αγώνας)
6. Κόρινθος-Απόλλων Σμύρνης 3-4 στα πέναλτι (1-1 στην παράταση, 0-0 κανονικός αγώνας)
21. Απόλλων Καλαμαριάς-Καλλιθέα 0-1 παρ. (0-0 κανονικός αγώνας)
Το υπόλοιπο πρόγραμμα:
2η Φάση (30/10/2012)
24. Ολυμπιακός Βόλου-ΑΕΛ Καλλονής
25. Πανσερραϊκός-Οδυσσέας Κορδελιού
26. Εθνικός Σιδηροκάστρου-Τύρναβος
27. Θρασύβουλος-Βύζας Μεγάρων
28. Καβάλα-Παναιγιάλειος
29. Αναγέννηση Γιαννιτσών-Νίκη Βόλου
30. Φωστήρας-Χανιά
3η Φάση (28/11/2012)
31. Πανθρακικός-Αναγέννηση Γιαννιτσών ή Νίκη Βόλου
32. Καβάλα ή Παναιγιάλειος-ΑΕΚ
33. Εθνικός Γαζώρου-Skoda Ξάνθη
34. Φωστήρας ή Χανιά-Πανιώνιος
35. Βέροια-Θρασύβουλος ή Βύζας Μεγάρων
36. Εθνικός Σιδηροκάστρου ή Τύρναβος-Κέρκυρα
37. ΠΑΣ Γιάννινα-Πανσερραϊκός ή Οδυσσέας Κορδελιού
38. Ολυμπιακός-Παναχαϊκή
39. Λεβαδειακός-Πιερικός
40. Αιγινιακός-ΠΑΟΚ
41. Ολυμπιακός Βόλου ή ΑΕΛ Καλλονής-Ατρόμητος
42. ΟΦΗ-Απόλλων Σμύρνης
43. Καλλιθέα-Άρης
44. Πλατανιάς-Αναγέννηση Καρδίτσας
45. ΑΕΛ-Αστέρας Τρίπολης
46. Παναθηναϊκός-Προοδευτική
4η Φάση (09/01/2013)
47. Νικητής 43-Νικητής 40
48. Νικητής 39-Νικητής 36
49. Νικητής 38-Νικητής 32
50. Νικητής 46-Νικητής 44
51. Νικητής 35-Νικητής 33
52. Νικητής 42-Νικητής 31
53. Νικητής 37-Νικητής 34
54. Νικητής 41-Νικητής 45
