Αύξηση της τάξης του 27% παρουσιάζουν τα εκτιμώμενα πρόστιμα που προέκυψαν συνολικά από τους ελέγχους της ΥπΕΕ, κατά το πρώτο 9μηνο του 2009, σε σύγκριση με την αντίστοιχη περίοδο του 2008. Το ύψος των προστίμων εκτιμάται συγκεκριμένα σε ποσό πλησίον του 1,5 δισ. ευρώ (1.449.146.306 ευρώ), έναντι 1.138.210.937 ευρώ τους εννέα μήνες του 2008. Ειδικότερα, τα εκτιμώμενα πρόστιμα για παραβάσεις πλαστών - εικονικών φορολογικών στοιχείων εμφανίζουν αύξηση 31%, τα πρόστιμα για τελωνειακές παραβάσεις αύξηση 29% και τα πρόστιμα για τη μη απόδοση ΦΠΑ, ΦΜΥ και λοιπών παρακρατούμενων φόρων, είναι αυξημένα κατά 22%. Όσον αφορά το μήνα Σεπτέμβριο, τα εκτιμώμενα πρόστιμα από τους ελέγχους που ολοκλήρωσε η Υπηρεσία Ειδικών Ελέγχων παρουσιάζουν αύξηση κατά 242%, σε σύγκριση με τον αντίστοιχο μήνα του 2008.