Ο Ιερεμίας γεννήθηκε στην Αγχίαλο της Ανατολικής Ρωμυλίας περί το έτος 1536 από ευσεβείς γονείς. Η οικογένειά του πιστεύεται ότι είχε θεσσαλικές ρίζες και σεμνύνονταν για την περίφημη καταγωγή της. Οι λεπτομέρειες της ζωής του μέχρι την ανάρρηση στον Οικουμενικό θρόνο είναι ελάχιστες και αποσπασματικές. Γνωρίζουμε μόνον ότι υπήρξε μαθητής επιφανών διδασκάλων, όπως των επισκόπων Μονεμβασίας Ιεροθέου, Τυρνόβου Αρσενίου, Ναυπάκτου Δαμασκηνού του Στουδίτου και του Ματθαίου του Κρητός. Ο σύγχρονός του χρονικογράφος και ιστορικός Μανουήλ Μαλακός αναφέρει ότι «…και νύκτα και ημέραν εσπούδαζε γεωλογικά, φιλοσοφικά και άλλα πολλά μαθήματα και εκκλησιαστικά». Αφιέρωνε πολύ χρόνο στην αδιάκοπη μελέτη όχι μόνον των Πατέρων της Εκκλησίας, αλλά και των αρχαίων κλασικών συγγραφέων.
Λόγω των σπουδαίων πνευματικών εφοδίων, χειροτονήθηκε σε πολύ μικρή ηλικία μητροπολίτης (περί το 1570). Δεν είναι γνωστό ποιον ιεράρχη διαδέχθηκε. Ο επισκοπικός κατάλογος της Μητροπόλεως Λαρίσης εμφανίζει αρκετά και μεγάλα χάσματα μέχρι το τέλος του 16ου αι., όσοι δε επιχείρησαν να τον δημοσιεύσουν, περιέχουν πληροφορίες εν πολλοίς αντικρουόμενες και αμφισβητούμενες. Πριν λίγα χρόνια (2001) ο Κώστας Σπανός, κατά την επανέκδοση του βιβλίου του Επαμ. Φαρμακίδη «Λάρισα», έκανε αρκετές διορθώσεις στον επισκοπικό κατάλογο. Σύμφωνα, λοιπόν, με αυτόν, ο προκάτοχος του Ιερεμία δεν μπορεί να εντοπισθεί με βεβαιότητα. Ίσως, όμως, να είναι ο Θεοφάνης (1569).
Η θητεία του Ιερεμία στη Μητρόπολη Λαρίσης ήταν βραχεία, περίπου δύο έτη. Τον έναν χρόνο, προφανώς τον δεύτερο, ήταν υποχρεωμένος να βρίσκεται συνεχώς στην Κωνσταντινούπολη, μακριά από το ποίμνιό του, επειδή τοποθετήθηκε συνοδικός. Ουσιαστικά, λοιπόν, μόνον έναν χρόνο παρέμεινε στην έδρα του. Και αυτή δεν ήταν βέβαια η Λάρισα, αλλά τα Τρίκαλα. Όπως ίσως είναι γνωστό, από το 1343 και για τέσσερες περίπου αιώνες ο Μητροπολίτης Λαρίσης διέμενε για μεγάλο χρονικό διάστημα στα Τρίκαλα, επειδή η διαμονή του στη Λάρισα είχε καταστεί προβληματική, λόγω της παρουσίας πολλών θερμόαιμων Τούρκων, όπως αναφέρουν οι Δημητριείς (Γρηγόριος Κωνσταντάς και Δανιήλ Φιλιππίδης) στη «Νεωτερική Γεωγραφία» το 1792.
Από την ολιγόχρονη παρουσία του Ιερεμία στη Μητρόπολη Λαρίσης έχουν διασωθεί δύο έγγραφά του, τα οποία είναι καταχωρημένα στο βιβλίο του λόγιου του 16ου αι. Μαρτίνου Κρούσιου «Turcograecia» (Βασιλεία 1584).
Το 1572, ανάμεσα σε πολλούς ώριμους και έμπειρους ιεράρχες, ο Λαρίσης Ιερεμίας εξελέγη νεότατος (36 ετών), Οικουμενικός Πατριάρχης, διαδεχθείς τον Μητροφάνη Γ’ ως 173ος στη σειρά επίσκοπος Κωνσταντινουπόλεως και 19ος Πατριάρχης μετά την άλωση της Πόλης. Ο Μανουήλ Μαλακός γράφει χαρακτηριστικά για την εκλογή του αυτή: «Και ομοφώνως εξέλεξαν και εψήφισαν τον πανιερώτατον και θεοκόσμητον Μητροπολίτην Λαρίσσης κύριον Ιερεμίαν, αρχιερέα δίκαιον, άμεμπτον, θεοσεβή, ελεήμονα, όσιον, άκακον και αμίαντον». Το Μέγα Μήνυμα προς τον Άγιον Λαρίσσης έγινε μέσα στον πατριαρχικό ναό, που την εποχή εκείνη ήταν ο ναός της Παμμακαρίστου. Ο ναός αυτός διατηρείται μέχρι και σήμερα και είναι από τα πιο σπουδαία βυζαντινά αξιοθέατα της Κωνσταντινούπολης. Το μήνυμα είχε ως εξής: «Η Θεία και Ιερά Σύνοδος των Πανιερωτάτων Μητροπολιτών, των Θεοφιλεστάτων Επισκόπων, των Τιμιωτάτων Κληρικών, των Ευγενεστάτων Αρχόντων και παντός του Χριστωνύμου Λαού, προσκαλούνται την αρχιερωσύνην Σου από τον θρόνον της Αγιωτάτης Μητροπόλεως Λαρίσσης, εις τον υψηλότατον και μέγαν θρόνον, τον πατριαρχικόν, της Αγιωτάτης του Χριστού Μεγάλης Εκκλησίας».
Με την επωνυμίαν Ιερεμίας Β’ ο Τρανός είχε τρεις θητείες στον πατριαρχικό θρόνο, με ενδιάμεσα χρονικά διαλείμματα, μέχρι το τέλος του 1595. Κατά τη διάρκεια της πολυτάραχης θητείας του άνοιξε δογματικό διάλογο με τους Γερμανούς προτεστάντες της Τουβίγγης, οι οποίοι την περίοδο εκείνη επιζητούσαν επαφή με την Ορθόδοξη Εκκλησία, μετά τον πρόσφατο χωρισμό τους από την Καθολική Εκκλησία. Σημαντική, επίσης, υπήρξε η συμβολή του στην ίδρυση το 1588 του Πατριαρχείου της Μόσχας και πασών των Ρωσιών. Ιδιαίτερα, όμως, έστρεψε την προσοχή του στην υπόθεση της ελληνικής παιδείας. Είναι γνωστό ότι με εισήγηση του πατριάρχου Αλεξανδρείας και σπουδαίου λογίου του 16ου αι. Μελετίου Πηγά συγκάλεσε στην Κωνσταντινούπολη τη Μείζονα Σύνοδο, η οποία έλαβε μια σημαντική απόφαση για την ενίσχυση και διάδοση των ελληνικών σπουδών. Με ειδική σύσταση η Σύνοδος αυτή προέτρεπε σε όλους τους μητροπολίτες και επισκόπους που ανήκαν στα πρεσβυγενή πατριαρχεία να ιδρύσουν στις περιφέρειές τους σχολεία για τη διδασκαλία των θείων γραμμάτων. Η απόφαση αυτή αποδείχθηκε ότι για πρώτη φορά ιστορικά η ανωτάτη ηγεσία της Εκκλησίας φαίνεται να αντιμετωπίζει το ζήτημα της παιδείας του Γένους.
Κατά την πρώτη πατριαρχική θητεία του ο Ιερεμίας επιχείρησε μακρά περιοδεία στις μητροπόλεις του ελληνικού χώρου. Τον Μάιο του 1578 βρέθηκε στη Θεσσαλία, την παλαιά μητροπολιτική του περιφέρεια ως πατριάρχης, φιλοξενούμενος από τον διάδοχό του στον θρόνο της Λαρίσης Δημήτριο (1574-1578).
Το 1575 σε επιστολή του ο Γερμανός προτεστάντης Gerlach περιγράφοντας τον Ιερεμία μας διέσωσε πολλά στοιχεία της φυσιογνωμίας και του χαρακτήρα του. Γράφει: «Ήτο ανήρ πράος και ευπροσήγορος, χαρίεις και ελκυστικός την μορφήν, πολύσαρκος και προμήκης, έχων την κόμην μακράν, επί των ώμων ερριμένην, ως παρίσταται ο ημέτερος Σωτήρ Χριστός, απλοϊκώτατος δε τα τε ήθη και την σνδυμασίαν».
Το 1595 ο Ιερεμίας «εξεδήμησε προς Κύριον». Η ιστορία για την πολυσχιδή δράση του, τους αγώνες για την Ορθοδοξία, τη συμβολή του στη διάδοση των γραμμάτων, τη φροντίδα για την ευπρέπεια των ναών, την ευταξία της Εκκλησίας και την ευκοσμία των κληρικών, του απένειμε τον τίτλο με τον οποίο παραμένει μέχρι σήμερα γνωστός: Ιερεμίας Β’ ο Τρανός.