και για τη μόρφωση που έλαβε αλλά το πιο πιθανό είναι να ήταν αυτοδίδακτος. Επρόκειτο για έναν νου σοβαρό και βαθυστόχαστο, για έναν άνθρωπο ανικανοποίητο που τράβηξε τον δικό του ξεχωριστό δρόμο στην έρευνα. Έχοντας αριστοκρατική καταγωγή, τάχτηκε από νωρίς τόσο εναντίον της τυραννίδας, που πλάκωσε για ένα χρονικό διάστημα την πατρίδα του, όσο και της δημοκρατίας, που τα καμώματά της, τον αηδίασαν τόσο πολύ που αποτραβήχτηκε στη μοναξιά. Επειδή δεν γνωρίζουμε αρκετά για το σύνολο του έργου του αλλά και επειδή όσα έχουν σωθεί είναι διατυπωμένα με σύντομες εκφράσεις, γεμάτες συμβολισμούς που μοιάζουν με χρησμούς, έμεινε στην ιστορία ως «ο σκοτεινός φιλόσοφος».
Ο Ηράκλειτος ξεκινά από την παρατήρηση του κόσμου και τον αντιλαμβάνεται σαν ενιαίο σύνολο, που ούτε γεννήθηκε ούτε θα χαθεί ποτέ. Αναζητά την ουσία του κόσμου και αυτήν τη βρίσκει στη θεότητα, σε μια νοητική αρχή, τον Λόγο, που τον φαντάζεται δεμένο μ’ ένα υλικό υποκείμενο, τη Φωτιά. Έχοντας παρατηρήσει τη διαρκή αλλαγή που υπάρχει στον υλικό κόσμο, θεωρεί τον καθολικό Κόσμο σαν ένα Ον, που βρίσκεται σε αδιάκοπη αλλαγή και που παρουσιάζεται συνεχώς με νέες μορφές (Δεν μπορούμε δύο φορές να μπούμε στο ίδιο ποτάμι). Η ουσία όλων των όντων είναι η Φωτιά. Λέγοντας φωτιά δεν εννοούσε μόνο τη φλόγα αλλά το ζεστό γενικά και γι’ αυτό συχνά την έλεγε και Ανάσα. Όλα τα όντα γεννιούνται από τη Φωτιά, μετασχηματίζονται και ξαναγυρίζουν σ’ αυτήν. Επειδή αυτή η μεταμόρφωση των όντων δεν σταματά ποτέ, όλα βρίσκονται από μια κατάσταση στην αντίθετη. Έχουν δηλαδή μέσα τους σε ίσα μεγέθη τις αντιθέσεις, μεταμορφώνονται και τελικά επικρατεί μια αρμονία στη Φύση (όλα γίνονται μέσα από αντιθέσεις και το σύνολο κυλά σαν ποτάμι).
Ένα κομμάτι της θεϊκής Φωτιάς είναι και η ψυχή του ανθρώπου. Όσο καθαρότερη είναι αυτή η φωτιά, τόσο τελειότερη είναι η Ψυχή. Ο Ηράκλειτος έχει ως στόχο την αφύπνιση των ανθρώπων, θέλει να τους οδηγήσει στη λογική σκέψη και να τους βοηθήσει να κατανοήσουν τη βαθύτερη ουσία των πραγμάτων. Γι’ αυτόν η ευτυχία των ανθρώπων εξαρτάται από τους ίδιους. Όπως συνήθιζε να λέει: «Η διαμόρφωση του χαρακτήρα σου γίνεται από τις επιλογές σου, μέρα με τη μέρα. Ποια είναι τα ενδιαφέροντά σου; ποιες είναι οι σκέψεις σου; Ποιες είναι οι πράξεις σου; Αυτό θα γίνεις». Θεωρούσε ότι η υπακοή στους νόμους είναι το θεμέλιο για την ευτυχία της Πολιτείας (ο λαός πρέπει να αγωνίζεται για τον νόμο όπως και για το κάστρο του), ενώ για τους πολίτες που δεν νοιάζονται για την ευημερία της Πολιτείας έλεγε: Οι κοιμισμένοι είναι εργάτες και συνεργοί σε αυτά που γίνονται στον κόσμο.
Στάθηκε απέναντι στη λατρεία των αγαλμάτων και κατηγορούσε με αιχμηρά λόγια τόσο τις θρησκευτικές δοξασίες όσο και τις συνήθειες του λαού. Ήταν ο πρώτος φιλόσοφος που κατανόησε τον συμβολικό χαρακτήρα της θρησκείας και αυτό του επέτρεψε να ξαναδώσει σε ορισμένες περιπτώσεις κάποιο νόημα στη λαϊκή λατρεία. Πίσω από τον Δία βλέπει τη δικαιοσύνη, πίσω από την Αθηνά τη σοφία και πίσω από τον Ήφαιστο όλες τις χειρωνακτικές τέχνες. Είναι μαζί με τον Ξενοφάνη οι πρώτοι πανθεϊστές, μόνο που στον Ηράκλειτο αυτός ο πανθεϊσμός έχει τρεις βασικές έννοιες: την ενότητα, τη διαρκή αλλαγή και την αδιάσπαστη αρμονία της Φύσης.
Έχει απόλυτη επίγνωση ότι η ανθρώπινη γνώση έχει κάποια όρια και ότι οι ανθρώπινες έννοιες, μαζί και οι ηθικές, υπόκεινται σε μια διαρκή μεταβολή. Πέθανε περίπου το 484 π.Χ. και αν και ο ίδιος δεν ίδρυσε καμία φιλοσοφική σχολή, ούτε ενδιαφέρθηκε για τη διάδοση των ιδεών του, επηρέασε σημαντικά την αρχαιοελληνική και μετέπειτα Δυτική φιλοσοφία. Ένα από τα πιο όμορφα αποφθέγματά του είναι το εξής: Ο χαρακτήρας σου είναι η μοίρα σου.