Ο συνήθης τρόπος να απαλλαγούν αυτές οι μεταποιητικές βιομηχανίες από τα απόβλητά τους είναι η συνεργασία με πιστοποιημένες εταιρείες που τα παραλαμβάνουν, τα απομακρύνουν και τα αποτοξικοποιούν. Ωστόσο, αυτή η πρακτική αυξάνει δραματικά το κόστος λειτουργίας των συσκευαστηρίων και επιβαρύνει το περιβάλλον.
Ερευνητές από το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας και από το Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο της Θράκης επινόησαν ένα μικροβιακό «εμβόλιο» για την αποτελεσματική διαχείριση των αποβλήτων που παράγονται από τα συσκευαστήρια φρούτων. Η ιδέα βασίζεται στην κατασκευή μονάδων επεξεργασίας που εγκαθίστανται στον χώρο των συσκευαστηρίων και που εμβολιάζονται με μικροοργανισμούς οι οποίοι έχουν την ικανότητα να διασπούν εξειδικευμένα τα γεωργικά φάρμακα από τα απόβλητα. Η εφαρμογή αυτών των μονάδων βιολογικής επεξεργασίας υγρών αποβλήτων μειώνει σημαντικά το κόστος λειτουργίας των συσκευαστηρίων φρούτων, ενώ παράλληλα περιορίζει το περιβαλλοντικό τους αποτύπωμα», εξηγεί ο καθηγητής Περιβαλλοντικής Μικροβιολογίας και Βιοτεχνολογίας Δημήτρης Καρπούζας από το Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας Φυτών και Περιβάλλοντος του Τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας. Η ομάδα των Ελλήνων ερευνητών απομόνωσε μεμονωμένους μικροοργανισμούς, αλλά και φυσικές κοινοπραξίες που δείχνουν εξειδικευμένη ικανότητα αποδόμησης γεωργικών φαρμάκων και ειδικά αυτών που χρησιμοποιούνται στα συσκευαστήρια φρούτων, όπως των μυκητοκτόνων thiabendazole, iprodione, imazalil, fludioxonil, ortho-phenylphenol κ.ά. Όλα αυτά τα βακτήρια και οι κοινοπραξίες τους χρησιμοποιούν οξυγόνο για να αποδομήσουν τα γεωργικά φάρμακα-«στόχους» προς ενώσεις που αποδίδουν στα κύτταρά τους ενέργεια για την αύξηση, την ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό τους. Η διαδικασία αποδόμησης πραγματοποιείται μέσα σε έναν ειδικό βιολογικό αντιδραστήρα που κατασκευάζεται στον χώρο των συσκευαστηρίων και στον οποίο διοχετεύονται τα υγρά απόβλητα που παράγονται σε καθημερινή βάση. Η πρώτη μονάδα επεξεργασίας τέτοιων αποβλήτων έχει ήδη εγκατασταθεί και λειτουργεί στο συσκευαστήριο ΠΟΥΛΗΣ Α.Ε. στην περιοχή του Τυρνάβου.
Η διαδικασία επεξεργασίας των υγρών αποβλήτων στους συγκεκριμένους βιοαντιδραστήρες οδηγεί σε υγρά απόβλητα υψηλής ποιότητας που μπορούν να καταλήξουν μέσω του αρδευτικού συστήματος στην αγροτική παραγωγή, δηλαδή να χρησιμοποιηθούν για την άρδευση παρακείμενων οπωρώνων.
Τώρα η ερευνητική ομάδα προχωρά ακόμα ένα βήμα παραπέρα, καθώς μπορεί πλέον να κατασκευάζει και να παράγει για εταιρείες-πελάτες μικροβιακά εμβόλια που θα χρησιμοποιηθούν για την αποτοξικοποίηση έμμονων ρύπων, όπως είναι γεωργικά φάρμακα, αντιβιοτικά, παρασιτοκτόνα και λοιπά φαρμακευτικά σκευάσματα.