Ο Θανάσης Γκαϊφύλλιας το 1968 κάνει τον πρώτο του δίσκο όπου ερμηνεύει και γράφει, επηρεασμένος από το Νέο Κύμα, τα πρώτα του τραγούδια. Ακολουθεί το «Ωτοστόπ» (1971) και η «Ατέλειωτη Εκδρομή» (1975), δύο σημαντικοί rock δίσκοι που έγραψαν ιστορία. Εκείνα τα χρόνια κάνει αρκετούς δίσκους 45 στροφών, Ντιρλαντά, Αχ να γινόταν, Δυο φιλιά όλη μας η ζωή, Εύθυμος Καλαματιανός – Χάι Κάι, ενώ συμμετέχει και σε δισκογραφικές δουλειές άλλων δημιουργών. Το 1977 έπειτα από ώριμη σκέψη, εγκαταλείπει την Αθήνα και γυρίζει στην πατρίδα του, τη Θράκη, ανοίγει το περίφημο «Κύτταρο», δισκοπωλείο – βιβλιοπωλείο, που για τα επόμενα 26 χρόνια υπήρξε μια σημαντική κοιτίδα πολιτισμού για όλη την περιοχή. Το 1985 κυκλοφορεί τον 3ο ολοκληρωμένο του δίσκο, το «Φύλλο Πορείας» στον οποίο συμμετέχει και η σύζυγός του Λία Τζιαμπάζη. Στις αρχές της δεκαετίας του ‘90 ξεκινά τις δικές του δισκογραφικές παραγωγές μέσα από το label «Δίσκοι Κύτταρο Κομοτηνής». Θα κάνει 2 προσωπικούς δίσκους, το «Βραδιάζει» (1991), το «Stavento» (1999), ένα cd single με τον τίτλο «Το τραγούδι της τιμής» (1997) όπου συνεργάζεται με το σχήμα «Αλάβαστρο» (μουσουλμάνοι και χριστιανοί μουσικοί της Κομοτηνής) και το περίφημο «Επί Πτυχίω» (1996) με τραγούδια που ερμήνευσαν και έγραψαν φοιτητές του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης, όπως ο Λάκης Λαζόπουλος, ο Θοδωρής Ξυδιάς, ο Κώστας Λειβαδάς, ο Γιώργος Λαγγουρέτος, η Λία Τζιαμπάζη κ.ά. Έχει γράψει μουσική και τραγούδια για θεατρικά έργα που ανέβασε το ΔΗΠΕΘΕ Κομοτηνής…
Το 2008 ανέβασε σε μορφή λαϊκού ορατορίου το ποιητικό έργο του Οδυσσέα Ελύτη «Ο Ήλιος ο Ηλιάτορας» σε Κομοτηνή, Αλεξανδρούπολη και Σαμοθράκη. Το 2010 κυκλοφόρησε το διπλό live album «Αυτά που ρωτάς – Ζωντανά στο Κύτταρο», όπου αποτυπώνει μ’ ένα μοναδικό και ανεπανάληπτο τρόπο τις επιτυχημένες εμφανίσεις του στη μουσική σκηνή «Κύτταρο» της Αθήνας τον Νοέμβριο του 2009. Ο Θανάσης Γκαϊφύλλιας συνεργάστηκε στη δισκογραφία και σε συναυλίες με σημαντικούς μουσικούς, συνθέτες, ενορχηστρωτές αλλά και διαχρονικούς στιχουργούς.