Χωρίς την προσκόμιση των δικαιολογητικών δεν θα προχωρήσει η εκκαθάριση της δήλωσης. Η Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων δίνει νέες οδηγίες για την εκκαθάριση των φορολογικών δηλώσεων για τις οποίες απαιτείται έλεγχος των δικαιολογητικών καθώς και για τις επιστροφές φόρου εισοδήματος ή ΦΠΑ. Σύμφωνα με την εγκύκλιο του Γ. Πιτσιλή:
1. Στις περιπτώσεις που κριθεί απαραίτητος ο έλεγχος των δικαιολογητικών των αρχικών ή τροποποιητικών δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος φυσικών προσώπων που υποβάλλονται ηλεκτρονικά, οι φορολογούμενοι ειδοποιούνται μέσω μηνύματος να προσκομίσουν δικαιολογητικά στη Δ.Ο.Υ. εντός 5 εργάσιμων ημερών. Μετά, οι δηλώσεις εκκαθαρίζονται από τις εφορίες, διαγράφοντας ή διορθώνοντας, όπου απαιτείται, ποσά τα οποία συνεπάγονται φορολογική απαλλαγή, έκπτωση ή ελάφρυνση του δηλούμενου εισοδήματος ή μείωση του φόρου και τα οποία δεν καλύπτονται από ηλεκτρονικά αρχεία ούτε προσκομίζονται για αυτά τα κατάλληλα δικαιολογητικά σε φυσική μορφή και στη συνέχεια εκδίδονται τα οριστικά εκκαθαριστικά.
2. Για τα νομικά πρόσωπα, όταν προκύπτει πιστωτικό υπόλοιπο προς επιστροφή και απαιτείται διενέργεια ελέγχου πριν την επιστροφή του φόρου, η μη ανταπόκριση, εντός της τεθείσας προθεσμίας, στην πρόσκληση για προσκόμιση των σχετικών δικαιολογητικών για την διενέργεια των απαιτούμενων ελεγκτικών επαληθεύσεων, συνεπάγεται, πέραν της επιβολής του προβλεπόμενου προστίμου, την έκδοση πράξης διορθωτικού προσδιορισμού για την βεβαίωση της διαφοράς του φόρου εισοδήματος, κατά το μέρος που αυτή προκύπτει λόγω της μη προσκόμισης των κατά περίπτωση δικαιολογητικών. Στις περιπτώσεις επιστροφής Φ.Π.Α. κατόπιν ελέγχου και μη ανταπόκρισης στην πρόσκληση, πέραν της επιβολής του προβλεπόμενου από τις σχετικές διατάξεις προστίμου, δεν αναγνωρίζεται από τον έλεγχο το δικαίωμα έκπτωσης του φόρου εισροών κατά το μέρος που οι συναλλαγές δεν αποδεικνύονται ή/και καταλογίζεται το μέρος του φόρου εκροών που αναλογεί σε απαλλασσόμενες εκροές που δεν αποδεικνύονται και ο έλεγχος ολοκληρώνεται με την έκδοση των οικείων πράξεων διορθωτικού προσδιορισμού φόρου. Επιπλέον, στο πλαίσιο διενέργειας των ως άνω μερικών ελέγχων για την επιστροφή φόρου εισοδήματος νομικών προσώπων ή νομικών οντοτήτων / πιστωτικού υπολοίπου Φ.Π.Α. διατυπώνεται στην οικεία έκθεση ελέγχου, ρητή επιφύλαξη για το δικαίωμα της Φορολογικής Διοίκησης να επανέλθει σε επόμενο χρόνο με την έκδοση νέας εντολής ελέγχου, για να διενεργήσει άλλον μερικό ή πλήρη έλεγχο.