Έχασε η Ένωση Αθέων τη δικαστική διαμάχη ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας αναφορικά με την απαλλαγή των μαθητών από το μάθημα των Θρησκευτικών. Ειδικότερα, η Ολομέλεια του ανωτάτου ακυρωτικού δικαστηρίου έκρινε πως είναι σύμφωνη με το Σύνταγμα, την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) και τον Γενικό Κανονισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την προστασία των προσωπικών δεδομένων η διαδικασία απαλλαγής των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης από το μάθημα των θρησκευτικών. Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει γονείς μαθητών και η Ένωση Αθέων κατά της απόφασης του υπουργείου Παιδείας του 2022, η οποία προέβλεπε ότι για την απαλλαγή των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών από το μάθημα των θρησκευτικών υποβάλλεται αίτηση στον διευθυντή του σχολείου, η οποία συγκεκριμένα θα αναφέρει: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των θρησκευτικών».