Διορίσθηκε βοηθός στο Γεωδυναμικό Ινστιτούτο του Αστεροσκοπείου Αθηνών (1956) και επιμελητής στο ίδιο Ινστιτούτο (1961). Εκλέχτηκε παμψηφεί τακτικός Καθηγητής Γεωφυσικής στο ΑΠΘ (1977), διευθυντής του Τομέα Γεωφυσικής (1983-1996), Πρόεδρος του Τμήματος Γεωλογίας του ΑΠΘ (1982-1987) και διετέλεσε Πρόεδρος του Δ.Σ. του Ινστιτούτου Τεχνικής Σεισμολογίας και Αντισεισμικών Κατασκευών - ΙΤΣΑΚ (1983-1999).
Δίδαξε επί σειρά δεκαετιών 14 μαθήματα Γεωφυσικής, συνέγραψε 9 βιβλία πανεπιστημιακού επιπέδου και καθοδήγησε την εκπόνηση 16 διδακτορικών διατριβών. Συγκρότησε τρεις ερευνητικές ομάδες (1964, 1977, 1980) από σημαντικό αριθμό νέων επιστημόνων που κατέλαβαν υψηλές πανεπιστημιακές θέσεις ή στελέχωσαν ερευνητικούς ή άλλους φορείς.
Δημοσίευσε πάνω από 200 πρωτότυπες επιστημονικές εργασίες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά και πρακτικά συνεδρίων. Στο επιστημονικό του έργο υπάρχουν πάνω από 1000 αναφορές άλλων επιστημόνων σε διεθνείς δημοσιεύσεις. Πρωτοστάτησε στην ίδρυση του πρώτου Ελληνικού δικτύου σεισμογράφων (1965), του πρώτου τηλεμετρικού δικτύου σεισμογράφων (1981) και του δικτύου επιταχυνσιογράφων του Ινστιτούτου Τεχνικής Σεισμολογίας και Αντισεισμικών Κατασκευών (1981).
Συνέβαλε στον αντισεισμικό σχεδιασμό πολλών μεγάλων τεχνικών έργων, στη διαμόρφωση της αντισεισμικής πολιτικής της χώρας και στην ενημέρωση των Ελλήνων πολιτών πάνω σε θέματα αντισεισμικής προστασίας. Δημοσίευσε σειρά άρθρων πάνω σε γενικότερα θέματα έρευνας και παιδείας, συμμετείχε ενεργά σε συνδικαλιστικά όργανα του κλάδου του και ανέπτυξε ευρύτερη κοινωνική δράση (μέλος διοικητικού συμβουλίου δημοτικής επιχείρησης κ.λ.π.).
Γνωστός του είναι εξάλλου και ο γιος του, Κώστας Παπαζάχος, ο οποίος τον «διαδέχτηκε» ως καθηγητής Σεισμολογίας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο.
Η καριέρα του Βασίλη Παπαζάχου συνδέθηκε με τον μεγάλο σεισμό της Θεσσαλονίκης το 1978, ο οποίος έδωσε και την αφορμή για τη δημιουργία Εργαστηρίου Γεωφυσικής στο ΑΠΘ.
Ο καθηγητής ήταν επίσης ο μεγάλος αντίπαλος του σεισμολόγου Παναγιώτη Βαρώτσου και της περίφημης ομάδας ΒΑΝ που υποστήριξε ότι μπορούσε να προβλέπει σεισμούς.
Λιγότεροι ίσως θυμούνται ότι ο Βασίλης Παπαζάχος είχε θέσει υποψηφιότητας για δήμαρχος στη γενέτειρά του και υπήρξε επίσης υποψήφιος βουλευτής σε συνεργασία με τον τότε Συνασπισμό.