Με την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας η απόλυση του κρίθηκε μη νόμιμη και μπορεί να γεννήσει αστικές αξιώσεις για τον προσφεύγοντα διεκδικώντας τις αποδοχές που θα λάμβανε μέχρι την λήξη της θητείας του.
Από την πλευρά του Δημοσίου και του ΙΓΜΕ υποστηρίχθηκε ότι για την πρόωρη παύση δεν χρειάζεται ειδική αιτιολογία γιατί είναι θέση μετακλητού υπαλλήλου και ο διορισμός γίνεται απευθείας από τον εποπτεύοντα υπουργό, ενώ για τη κατάληψη της θέσης αυτής πρέπει να υπάρχει «σχέση πολιτικής εμπιστοσύνης, ώστε να καθίσταται απρόσκοπτη η πραγμάτωση της κυβερνητικής πολιτικής».
Ωστόσο με την απόφασή τους οι δικαστες επισημαίνουν ότι ο αρμόδιος υπουργός μπορεί να αποφασίσει την παύση ή την αντικατάσταση πριν την λήξη της θητείας, αν συντρέχει σοβαρός λόγος, ο οποίος καθιστά τον γενικό διευθυντή ακατάλληλο για την άσκηση των καθηκόντων του και η απόφαση του υπουργού πρέπει να είναι ειδικώς αιτιολογημένη, κανοντας δεκτή την αίτηση του πρωην διευθυντή του ΙΓΜΕ.
