Ο Αρχιεπίσκοπος κατηγορεί τον υπουργό ότι επιχειρηματολογεί απέναντι σε αιτήματα, που ουδέποτε προέβαλε η Εκκλησία προκειμένου να προσπεράσει τις επιφυλάξεις της ως «φανατικές, παλαιολιθικές, ή αντιδημοκρατικές».
Παράλληλα, αναφέρεται στην επιχειρηματολογία του κ. Φίλη ότι «'η Πολιτεία αποφασίζει, σαφώς υπονοώντας ότι η Εκκλησία επιθυμεί να ποδηγετήσει στην Πολιτεία» και διερωτάται: «Άραγε στη δημοκρατική μας πατρίδα έχει χώρο η λουδοβίκεια άποψη ότι Πολιτεία είναι μόνο ο υπουργός;».
Στην επιστολή του ο Αρχιεπίσκοπος σημειώνει ακόμη ότι «ήδη από το 2015 η ρητορική των εκπροσώπων του υπουργείου Παιδείας συστηματικά διαστρέβλωνε, κατά βολικό τρόπο, τον ρόλο του υπάρχοντος μαθήματος των Θρησκευτικών ως μίας δήθεν ανελεύθερης και προσηλυτιστικής διαδικασίας 'παραγωγής πιστών' της ορθόδοξης Εκκλησίας μέσα στις σχολικές αίθουσες».
Αναφέρει, δε, ότι λίγο μετά μετά την ανάληψη του χαρτοφυλακίου της η αναπληρώτρια υπουργός Παιδείας Σία Αναγνωστοπούλου τάχθηκε υπέρ της απαλλαγής από το μάθημα «χωρίς οποιαδήποτε επίκληση λόγων θρησκευτικών συνειδήσεως (και κατ' ουσίαν δηλαδή υπέρ της μετατροπής του μαθήματος από υποχρεωτικό σε προαιρετικό).
«Αργότερα εντός του έτους 2015» συνεχίζει «άρχισε να κυκλοφορεί μία νεότερη θέση του υπουργείου Παιδείας ότι το μάθημα οφείλει να αλλάξει, διότι αίφνης η πολιτική ηγεσία άρχισε να ανησυχεί για τη διαφύλαξη της 'υποχρεωτικότητάς' του εν όψει του μέχρι τότε δήθεν κατηχητικού – προσηλυτιστικού του χαρακτήρα».
Ο κ. Ιερώνυμος αναφέρεται και στη νεότερη θέση του υπουργείου ότι η ομαλή ένταξη των μεταναστών και προσφυγών στην ελληνική κοινωνία, επιβάλλει πλέον ένα διαφορετικό μάθημα Θρησκευτικών.
Ακόμη, διαμηνύει ότι «η Ορθοδοξία δεν έχει τίποτα να φοβηθεί από την σύγκριση με τα άλλα θρησκεύματα και δόγματα».
«Η σύγκριση όμως», συνεχίζει, «προϋποθέτει ότι το μάθημα παρέχει στον μαθητή συνεκτική και πλήρη εικόνα της ιδιαιτερότητας της Ορθοδοξίας, δηλαδή ένα σύνολο δομημένων γνώσεων με ψύχραιμη, επιστημονική - θεολογική προσέγγιση και όχι σκόρπιες ψηφίδες κοινωνιολογικού ή φιλοσοφικού προβληματισμού με αφορμή το θρησκευτικό φαινόμενο».
