Σε διαδικασία έναρξης προετοιμασίας υλοποίησής τους, βρίσκονται τα ακόλουθα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, στο ΤΕΙ Θεσσαλίας:
1.Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Βιώσιμη Επιχειρηματικότητα – Master of Science in Sustainable Enterpreneurship».
2.Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο: «Ενεργειακές Τεχνολογίες και Συστήματα Αυτοματισμών»(Energy and Automation Systems).
3. Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα τη Λάρισα, με τίτλο: «Σύγχρονες Τεχνολογίες Έργων Διαχείρισης Περιβάλλοντος». (Φ.Ε.Κ. 1449/10.07.2015)
4. Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα τα Τρίκαλα, με τίτλο: «Αρχιτεκτονική και Δομοστατική Αποκατάσταση Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων» (Π.Μ.Σ. Α.ΔΟ.ΑΠ.)
5. Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων με τίτλο: « Διοίκηση και Διαχείριση Έργων και Προγραμμάτων» .
6. Τμήμα Σχεδιασμού & Τεχνολογίας Ξύλου & Επίπλου της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα την Καρδίτσα με τίτλο : «Προηγμένες Μέθοδοι Κατασκευής Προϊόντων από Ξύλο» (Msc in Advanced Manufacturing Methods of Wooden Products).
7. Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στα Τμήματα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο: «Μηχανικών Η/Υ, Συστημάτων και Μετρήσεων» (M.sc.Master of Science in “Computer, Systems and Measurement Engineering”).
8. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. με τίτλο: «Μηχανική Λογισμικού για Διαδικτυακές και Φορητές Εφαρμογές (M.Sc. – Master of Science in Software Engineering for Internet and Mobile Applications)».
9. Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων με τίτλο: « Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων -MBA » (Master in Business Administration) με πέντε (5) κατευθύνσεις.
10. Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής με τίτλο: «Σύγχρονες Τεχνολογίες στην Αγροτική Παραγωγή και το Περιβάλλον».
11. Τμήμα Νοσηλευτικής της Σχολής Επαγγελμάτων Υγείας & Πρόνοιας του Τ.Ε.Ι. με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Ψυχική Υγεία».
12ον ) Τμήμα Νοσηλευτικής της Σχολής Επαγγελμάτων Υγείας & Πρόνοιας του Τ.Ε.Ι. με τίτλο: Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε σύμπραξη με το Τμήμα Νοσηλευτικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας, με τίτλο «Πρωτοβάθμια Φροντίδα Υγείας» 2015-16
Η Διοίκηση του Ιδρύματος θα διοργανώσει ημερίδα όπου θα γίνει η παρουσίαση όλων των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών του Α.Τ.Ε.Ι Θεσσαλίας, για ενημέρωση των ενδιαφερομένων.