Τα «ζευγάρια» που προέκυψαν, είναι τα εξής:
Ξάνθη-ΟΦΗ
Πλατανιάς-ΠΑΣ Γιάννινα
Λεβαδειακός-ΑΕΚ
Αρης-Ολυμπιακός
Παναιτωλικός-ΠΑΟΚ
Τρίκαλα-Αστέρας Τρίπολης
Λαμία-Ατρόμητος
Κισσαμικός-Παναθηναϊκός
Οι πρώτοι αγώνες της 3ης φάσης θα διεξαχθούν στις 10-11-12/1/2017 και οι ρεβάνς στις 24-25-26/1/2017.